Hvad er en genom-browser?
En genom-browser er en webgrænseflade, der bruges til at se det fysiske kort over et kromosom. Dette kort viser, hvor meget DNA der adskiller to gener, målt i basepar. Humane kromosomer varierer i størrelse fra 50 millioner til over 250 millioner basepar. En genom-browser viser skematiske repræsentationer af hele kromosomer såvel som "zoomet ind" skemaer af enkeltgener og endda den faktiske baseparssekvens.
En genom-browser gør det muligt for brugeren at rulle gennem et kromosom og zoome ind på bestemte placeringer. Mange genom-browsere tillader brugeren at zoome ind på niveauet med at se den aktuelle DNA-sekvens, selvom en browsers virkelige nytteværdi er i evnen til at se gener i deres større sammenhæng snarere end at se DNA-sekvensen på nucleotidniveau. Den gennemsnitlige størrelse af et gen er 3.000 basepar, så når zoomet ind på baseparniveauet, vil brugeren se mindre end et helt gen. Det største humane gen, dystrophin, er 2,4 millioner basepar lang.
Ud over at se skematiske repræsentationer af gener kan genom-browsere også vise andre nyttige oplysninger. Dette kan omfatte den del af genet, der er oversat til protein, kaldet mRNA, og DNA-sekvenser, der har andre funktioner end kodning for protein. Genom-browseren kan også vise, hvilke segmenter af DNA, der blev anvendt i processen med sekventering af genomet.
Et stort antal organismer har sekventeret genomer. Der er ingen enkelt browser, der er standard inden for genomik, så genom-browsere kan variere mellem sekventerede genomer. Genom browsere har den funktion at være i stand til at søge efter gener eller sekvenser af interesse, hvilket gør det muligt for brugeren at hoppe fra et genomisk sted til et andet. Det ville ikke være effektivt at rulle hen over et kromosom for at komme til en placering af interesse på grund af den meget store størrelse af de fleste kromosomer.
Nogle genom browsere har værktøjer, der kaldes gensorterere. Dette værktøj viser en tabel med gener, der er relateret til hinanden. Forholdet kan være en af flere typer: sekvenshomologi, lignende ekspressionsprofil eller genomisk nærhed. Brugeren søger efter et gen ved hjælp af et ord eller en sætning, vælger den type forhold, han eller hun ønsker, og gensorteringen viser resultaterne af søgningen.