Hvad er en Ubiquitination-analyse?

Ubiquitination refererer til binding af proteinet ubiquitin til andre proteiner af tre forskellige enzymer. En ubiquitineringsassay er en test, der bestemmer, hvor meget af denne proces der forekommer i cellen. Tests kan bruges til at bestemme, hvordan forskellige betingelser påvirker proteinbinding, trin og strukturer, der er vigtige i ubiquitinnationsvejen, og mængden af ​​protein i cellen. Utilstrækkelige eller overdrevne mængder er blevet knyttet til udviklingen af ​​mange forskellige sygdomme.

Et protein, der findes i celler, er ubiquitins funktion at binde til proteiner, mens de fungerer som et "tag" eller signal til andre strukturer. Dette "tag" signalerer derefter enzymer for at vide, at proteinet kan ødelægges, genanvendes eller flyttes. Resultatet er ødelæggelse eller transport af proteiner.

Disse mærkningsproteiner er vigtige til DNA-reparation, virale infektioner og immunrespons. Andre vigtige funktioner inkluderer roller i celledød, celledeling og udvikling af celler. For meget ubiquitin eller mangel herpå kan spille en rolle i dannelsen af ​​mange sygdomme, såsom kræft, genetiske lidelser og sygdomme i immunsystemet.

Forskere vil bruge en ubiquitineringsassay til at prøve at bestemme, hvilke betingelser der ændrer koncentrationen af ​​proteinet i cellen og sammenligne syge celler med sunde celler. Forskere bruger det også til at undersøge, hvilke forhold der vil medføre ændringer i bindingen. Derudover kan de forsøge at forbinde specifik DNA-kode med mængden af ​​enzymer i cellen.

Der er mere end en type ubiquitineringsassay, som forskere specifikt bruger. Man bestemmer procentdelen af ​​proteiner, der er bundet med ubiquintin. En anden undersøger aktiviteten af ​​enzymer eller tilstedeværelsen af ​​andre mellemprodukter, der findes i ubiquineringsvejen. Forskellige assays udvikles baseret på det målprotein, som ubiquitin vil binde til.

Grundlaget for et ubiquitineringsassay er at inkorporere en forbindelse, der er mærket under anvendelse af et andet let målbart kemikalie. Ved onkologeassays kan ubiquitin mærkes med kryptat, en forbindelse, der indeholder to nitrogenatomer. Dette kan bruges til at bestemme, hvilket enzym der er mest aktivt i cellen.

En ubiquitineringsassay vil have to trin. Det første er et enzymatisk trin, hvor enzymer binder det mærkede ubiquitin til målproteinet. Det andet er et detektionstrin, hvor binding af målproteinet undersøges under anvendelse af et konjugat, såsom et antistof. Antistoffet vil fluorescere eller ændre farve, hvilket derefter giver forskeren mulighed for at bestemme aktiviteten af ​​enzymerne.