¿Qué es un navegador Genome?
Un navegador de genoma es una interfaz web utilizada para ver el mapa físico de un cromosoma. Este mapa muestra cuánto ADN separa dos genes, medidos en pares de bases. Los cromosomas humanos varían en tamaño de 50 millones a más de 250 millones de pares de bases. Un navegador del genoma muestra representaciones esquemáticas de cromosomas completos, así como esquemas "con zoom" de genes individuales e incluso de la secuencia real del par de bases.
Un navegador de genoma permite al usuario desplazarse por un cromosoma y ampliar en ciertas ubicaciones. Muchos navegadores del genoma permiten al usuario acercarse al nivel de ver la secuencia de ADN real, aunque la utilidad real de un navegador tiene la capacidad de ver genes en su contexto más amplio, en lugar de ver la secuencia de ADN a nivel de nucleótidos. El tamaño promedio de un gen es de 3.000 pares de bases, por lo que cuando se acerca al nivel de par de bases, el usuario verá menos de un gen completo. El gen humano más grande, la distrofina, es de 2,4 millones de pares de bases de largo.
además de ver el esquemaRepresentaciones de tic de genes, los navegadores de genómetros también pueden mostrar otra información útil. Esto puede incluir la porción del gen que se traduce en proteína, llamadas secuencias de ARNm y ADN que tienen funciones distintas de la codificación de proteínas. El navegador del genoma también puede mostrar qué segmentos de ADN se usaron en el proceso de secuenciación del genoma.
Una gran cantidad de organismos han secuenciado genomas. No hay un solo navegador que sea estándar en el campo de la genómica, por lo que los navegadores de genoma pueden variar entre los genomas secuenciados. Los navegadores del genoma tienen la función de poder buscar genes o secuencias de interés, lo que permite al usuario saltar de una ubicación genómica a otra. No sería eficiente desplazarse por un cromosoma para llegar a una ubicación de interés, debido al gran tamaño de la mayoría de los cromosomas.
Algunos navegadores del genoma tienen herramientas llamadas clasificadores de genes. Esta herramienta DIesplacha una tabla de genes que están relacionados entre sí. La relación puede ser uno de varios tipos: homología de secuencia, perfil de expresión similar o proximidad genómica. El usuario busca un gen utilizando una palabra o frase, selecciona el tipo de relación que le gustaría, y el clasificador de genes muestra los resultados de la búsqueda.