En genética, ¿cuál es el método de escopeta?
El método de escopeta se usa para secuenciar hilos largos de una molécula de ácido desoxirribonucleico (ADN). Se basa en otro método de secuenciación de ADN llamado método de terminación de cadena. Con el método de escopeta, los científicos secuencian partes del hilo de ADN y usan los resultados para crear una secuencia continua.
La secuenciación es el proceso de encontrar la composición atómica de una molécula e investigar los enlaces químicos que unen esos átomos. En el ADN, la secuenciación se usa para encontrar el orden en el que ocurren ciertas moléculas. Estas moléculas se llaman nucleótidos. Las cuatro bases de nucleótidos son adenina, guanina, citosina y timina.
Una forma de secuenciar largos hilos de ADN es utilizando el método de escopeta. En este método, el ADN se divide en fragmentos aleatorios. Los segmentos resultantes se secuencian utilizando un método llamado método de terminación de cadena. La terminación de la cadena es el método de elección para secuencias de ADN cortas. Utiliza pocos productos químicos duros y menores cantidades de radiactividad queOtros métodos de secuencia corta.
En el método de terminación de la cadena, una cadena de ADN se divide en cuatro reacciones de secuenciación. Cada uno contiene los cuatro nucleótidos y una enzima que actúa como catalizador, llamada ADN polimerasa. Luego se agrega un dedoxinucleótido, que es básicamente una parte de nucleótido de su secuencia de azúcar, a cada reacción de secuenciación. Después de procesar estas reacciones, los científicos pueden imaginarlas y leer la secuencia de ADN.
Durante el método de escopeta de secuenciación de ADN, todo esto ocurre varias veces usando diferentes fragmentos aleatorios de ADN. Esto da como resultado múltiples secciones superpuestas de ADN secuenciado. Luego, un programa de computadora utiliza las secciones superpuestas para crear una secuencia de ADN continua.
El problema con el método de escopeta es que el ADN es increíblemente complejo. A menudo, contiene secuencias repetitivas que se ven iguales pero vienen de diferentes partes de TEl ADN. El conjunto completo de ADN humano, llamado genoma humano, tiene más de tres mil millones de pares de bases. La única forma de asegurarse de que la colocación de secuencias repetitivas es correcta es hacer más lecturas aleatorias para que cada parte se secuente varias veces. Aun así, ocurren errores.
El método de secuenciación de escopeta fue el filo de la secuenciación de ADN hasta aproximadamente 2005. Desde entonces, los científicos han creado una secuenciación de próxima generación, que funciona mucho más rápido. La precisión de las lecturas individuales es menor que con la secuenciación de escopetas, pero los científicos son compensados por esto al poder hacer más lecturas en menos tiempo.