Qu'est-ce que les graphiques moléculaires?
Le terme graphique désigne des dessins ou des images créés selon les règles mathématiques. Moléculaire fait référence aux molécules et à leurs composants. Par conséquent, l’un des sens du graphisme moléculaire (MG) est l’étude des molécules par la visualisation des molécules elles-mêmes et de leurs composants. Les graphiques moléculaires se réfèrent également aux représentations tridimensionnelles des molécules qui sont réalisées afin de les examiner et de comprendre leurs réponses lors de réactions et d'interactions.
Les graphiques moléculaires présentent certains avantages par rapport aux modèles physiques. Les modèles physiques peuvent poser des problèmes car la structure est masquée, il existe une fausse impression de flexibilité, la superposition est presque impossible ou ils sont tout simplement trop encombrants pour fonctionner. Tous ces problèmes peuvent être surmontés avec des graphiques informatiques.
Une utilisation clé des graphiques moléculaires est l’étude des protéines et des acides nucléiques. La base de données de protéines (PDB) du Collaboratoire de recherche sur la bioinformatique structurale (RCSB), dans laquelle des informations déterminées de manière expérimentale sur les structures d'acides nucléiques, de protéines et d'assemblages complexes sont stockées pour un accès général. Au 27 avril 2010, la base de données comptait 64 932 structures. Le RCSB vulgarise ses fonctions en invitant les visiteurs à créer des modèles de virus 3D à l'Université Rutgers le jour de la fête. Le RCSB parraine également des essais de modélisation des protéines dans le cadre d’Olympiades scientifiques régionales aux États-Unis. La Banque mondiale de données sur les protéines (wwPDB) est l’organisation internationale à laquelle des groupes comme le RCSB; PDBe, l'homologue européen; et PDBj, l'homologue japonais; appartenir.
Un autre domaine dans lequel les graphiques moléculaires sont extrêmement importants est la conception des produits pharmaceutiques. La conception de médicaments assistée par graphiques moléculaires - également connue sous le nom de conception de médicaments assistée par ordinateur (CDAO), de conception moléculaire assistée par ordinateur (CAMD) ou de conception de médicaments reposant sur une structure (SBDD) - est l’un des principaux intérêts de recherche des professeurs impliqués dans la Virginia Commonwealth University spécialisation en chimie médicinale dans les programmes d'études supérieures en sciences pharmaceutiques, par exemple.
Un logiciel spécialisé pour créer des graphiques moléculaires, appelé logiciel de conception moléculaire , est disponible dans un certain nombre de packages commerciaux. Des versions particulières sont également consacrées à la conception de médicaments à base de graphiques moléculaires. Dans la conception de médicaments, la fonctionnalité d' accueil , à savoir la possibilité de connecter une molécule affichée à un récepteur, est l'un des attributs clés qui distinguent le logiciel de conception de médicaments de celui d'un autre logiciel de conception moléculaire.