Qu'est-ce que l'annotation du génome?
L'annotation du génome marque les sections d'un génome avec des informations sur les données génétiques qu'il contient. Cela fait partie du processus des projets sur le génome, où l'objectif n'est pas simplement de séquencer l'ADN d'un organisme cible, mais de comprendre ce qu'il fait et comment il fonctionne. Les chercheurs peuvent annoter dans leurs laboratoires et partager des données avec d'autres scientifiques afin de mettre en commun leurs ressources et leurs informations. Des bases de données en ligne ouvertes au public sont disponibles, et certaines permettent également aux membres du grand public de soumettre leurs propres annotations.
La première étape de l'annotation du génome est le séquençage, au cours duquel les chercheurs déterminent l'ordre des acides aminés dans l'ADN d'un organisme. Le séquençage de tout un génome prend beaucoup de temps et il est courant que les scientifiques commencent à annoter avant que le génome ne soit décodé. Avec une section d’ADN séquencé en main, un chercheur peut commencer à annoter. Les scientifiques peuvent noter où les gènes semblent commencer et s'arrêter, en prêtant attention aux chaînes distinctives de l'ADN qui contiennent des informations sur la fonction du génome.
Les ordinateurs sont capables d’effectuer eux-mêmes une annotation du génome. Ils peuvent rechercher des modèles connus, tels que des chaînes d'acides aminés qui apparaissent au début et à la fin des gènes. Dans l'annotation automatisée, l'ordinateur peut ajouter des notes à différentes sections d'une chaîne d'ADN pour fournir des informations à ce sujet. Il est également possible de comparer des segments de différents organismes pour rechercher une variance susceptible de fournir des informations importantes sur l’espèce dans son ensemble.
L'annotation manuelle du génome implique la révision physique de l'ADN. De nombreux chercheurs utilisent des ordinateurs pour afficher les informations et les marquer, ce qui leur permet de les entrer dans les bases de données au fur et à mesure de leur travail. Dans certains cas, une révision manuelle peut être nécessaire après une annotation automatisée pour s’assurer que l’ordinateur reçoit les informations correctes. Cela peut être un processus fastidieux et des erreurs peuvent se produire, raison pour laquelle les chercheurs aiment regrouper leurs bases de données. Si une annotation ne correspond pas aux autres sur la même section de l'ADN, les utilisateurs peuvent évaluer les informations pour déterminer ce qui s'est passé et corriger l'erreur.
Il n'est pas toujours possible de déterminer l'action d'un gène lors du processus d'annotation du génome. Les scientifiques peuvent signaler des gènes et les séparer d'autres composants du génome, tels que l'ADN non codant, tel que les répétitions. Cette information peut être utilisée dans la recherche à mesure que les gens développent des théories sur différents segments du génome. Ils peuvent ajouter aux annotations pour noter la fonction d'un gène.