Che cos'è la grafica molecolare?

Il termine grafica si riferisce a disegni o immagini creati seguendo le regole della matematica. Molecolare si riferisce alle molecole e ai loro componenti. Pertanto, un significato della grafica molecolare (MG) è lo studio delle molecole attraverso la visualizzazione delle molecole stesse e delle loro parti componenti. La grafica molecolare si riferisce anche alle rappresentazioni tridimensionali di molecole che sono fatte per esaminarle e comprendere le loro risposte durante reazioni e interazioni

La grafica molecolare presenta alcuni vantaggi rispetto ai modelli fisici. I modelli fisici possono causare problemi perché la struttura è oscurata, c'è una falsa impressione di flessibilità, la sovrapposizione è quasi impossibile o sono semplicemente troppo ingombranti con cui lavorare. Tutti questi problemi possono essere superati con la computer grafica.

Un uso chiave della grafica molecolare è nello studio di proteine ​​e acidi nucleici. Il Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) protein data bank (PDB), in cui le informazioni determinate sperimentalmente sulle strutture di acidi nucleici, proteine ​​e complessi complessi sono archiviate per l'accesso generale. Al 27 aprile 2010, c'erano 64.932 strutture nel database. RCSB rende popolare la sua funzione con un invito ai visitatori a costruire modelli di virus 3D alla Rutgers University il giorno di Rutgers. L'RCSB sponsorizza anche prove di modellizzazione delle proteine ​​presso le Olimpiadi scientifiche regionali negli Stati Uniti. La Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) è l'organizzazione internazionale a cui gruppi come RCSB; PDBe, la controparte europea; e PDBj, la controparte giapponese; appartenere.

Un'altra area in cui la grafica molecolare è estremamente importante è la progettazione di prodotti farmaceutici. La progettazione di farmaci assistiti da grafica molecolare - nota anche come progettazione di farmaci assistiti da computer (CADD), progettazione molecolare assistita da computer (CAMD) o progettazione di farmaci basata su struttura (SBDD) - è uno degli interessi di ricerca chiave delle facoltà coinvolte nel Specializzazione in chimica farmaceutica della Virginia Commonwealth University, ad esempio nei programmi di laurea in Scienze farmaceutiche.

Un software specializzato per la creazione di grafica molecolare, chiamato software di progettazione molecolare , è disponibile in numerosi pacchetti commerciali. Esistono anche versioni dedicate alla progettazione di farmaci basati sulla grafica molecolare. Nella progettazione di farmaci, la funzione di docking - la capacità di connettere una molecola visualizzata a un recettore - è uno degli attributi chiave che hanno distinto il software di progettazione di farmaci da altri software di progettazione molecolare.