Wat is een microarray?
Een microarray is een reeks punten van DNA, eiwit of weefsel gerangschikt op een array voor eenvoudige gelijktijdige analyse. De meest bekende is de DNA-microarray, die een integrale rol speelt in profilering van genexpressie. Het substraatmateriaal is glas, kunststof of een siliciumchip. Alternatieve namen voor de DNA-microarray omvatten gen-chip , DNA-chip en biochip . De kleine stukjes DNA worden sondes genoemd .
Een microarray kan op verschillende manieren worden gemaakt. De meest primitieve is om het DNA alleen op speldenglazen te laten vallen met behulp van spelden. Meer geavanceerde technieken maken gebruik van fotolithografie, elektrochemische benaderingen en zelfs inkjetprinten - alles wat het DNA nauwkeurig op een nauwkeurige plek kan afleveren.
De DNA-microarray is een product van eind jaren tachtig en begin jaren negentig, toen de biotechnologie echt begon op gang te komen. Met de microarray kan een onderzoeker een reeks tests tegelijkertijd op alle monsters uitvoeren, waardoor het onderzoek aanzienlijk wordt versneld. Traditionele biologische experimenten werken één voor één aan de dingen. De sondes worden soms gemarkeerd met stippen die fluorofores worden genoemd wanneer ze niet gemakkelijk uit elkaar te houden zijn.
Sommige van de grootste microarrays, gemaakt door bedrijven zoals NimbleGen Systems, bevatten maar liefst 390.000 spots. De microarray wordt vaak gebruikt bij het analyseren van het hele genoom van een organisme, dat tientallen chromosomen of meer kan bevatten, elk met hun eigen DNA en RNA. Helaas zijn niet alle microarrays compatibel met elkaar en is er een duidelijk gebrek aan normen. Standaardisatie-inspanningen zijn aan de gang, maar tot nu toe zonder veel succes.
Zoals de meeste geavanceerde biotechnologie-onderzoeksagenda's, kunnen tests op de microarray enorme hoeveelheden gegevens produceren, wat aanleiding geeft tot het gebied van bio-informatica , dat alles wil begrijpen. Er kunnen ontdekkingen en correlaties bestaan die we al hebben gemeten, maar eenvoudigweg niet zijn opgemerkt vanwege de overvloed aan gegevens. Datamining wordt uitgebreid gebruikt om de resultaten van deze complexe experimenten te analyseren.