Wat is genoomaantekening?
Genoomannotatie markeert secties van een genoom met informatie over de genetische gegevens die het bevat. Dit maakt deel uit van het proces bij genoomprojecten, waarbij het doel niet alleen is om het DNA van een doelorganisme te sequencen, maar om te begrijpen wat het doet en hoe het functioneert. Onderzoekers kunnen annotaties uitvoeren in hun labs en kunnen gegevens delen met andere wetenschappers om middelen en informatie te bundelen. Er zijn online voor iedereen toegankelijke databases beschikbaar, en in sommige gevallen kunnen ook leden van het grote publiek hun eigen annotaties indienen.
De eerste stap in genoomannotatie is sequencing, waarbij onderzoekers de volgorde van aminozuren in het DNA van een organisme bepalen. Het sequencen van een heel genoom duurt lang en het is gebruikelijk dat wetenschappers beginnen met annoteren voordat het genoom is gedecodeerd. Met een deel van het DNA waarvan de sequentie is bepaald, kan een onderzoeker beginnen met annoteren. Wetenschappers kunnen opmerken waar genen lijken te beginnen en stoppen, met aandacht voor onderscheidende reeksen DNA die informatie bevatten over de functie van het genoom.
Computers kunnen zelf enkele genoomannotaties uitvoeren. Ze kunnen bekende patronen zoeken, zoals reeksen aminozuren die aan het begin en einde van genen verschijnen. In geautomatiseerde annotatie kan de computer notities toevoegen aan verschillende secties van een reeks DNA om daarover informatie te verstrekken. Het is ook mogelijk om segmenten van verschillende organismen te vergelijken om te zoeken naar variantie die belangrijke informatie over de soort als geheel kan opleveren.
Handmatige genoomannotatie omvat het fysiek beoordelen van het DNA. Veel onderzoekers gebruiken computers om de informatie weer te geven en te taggen, zodat ze deze tijdens het werken in databases kunnen invoeren. In sommige gevallen kan een handmatige beoordeling nodig zijn na automatische annotatie, om ervoor te zorgen dat de computer de informatie correct heeft ontvangen. Dit kan een moeizaam proces zijn en er doen zich fouten voor, wat een reden is waarom onderzoekers databases graag bundelen. Als een annotatie niet overeenkomt met anderen in dezelfde sectie van DNA, kunnen mensen de informatie evalueren om te bepalen wat er is gebeurd en de fout oplossen.
Het is niet altijd mogelijk om te bepalen wat een gen doet tijdens het annotatieproces van het genoom. Wetenschappers kunnen genen markeren en scheiden van andere componenten van het genoom, zoals niet-coderend DNA zoals herhalingen. Deze informatie kan worden gebruikt in onderzoek terwijl mensen theorieën ontwikkelen over verschillende segmenten van het genoom. Ze kunnen toevoegen aan de annotaties om de functie van een gen te noteren.