Wat is genoomassemblage?

genoomassemblage verwijst naar het proces van het nemen van vele kleine stukjes genetische sequentie en samenvoegen tot een coherent geheel dat het hele genoom van een organisme vertegenwoordigt. Dit is een belangrijke focus van het bioinformatica -veld en er bestaan ​​voor dit doel een verscheidenheid aan genoomprojecten. Genoomassemblage is gebruikt om de genomen van vele soorten te analyseren, waaronder mensen, planten, dieren en bacteriën.

Het analyseren van de genen van een organisme is een lang proces en genoomassemblage is een van de eerste stappen. Veel andere analysemethoden zijn gebaseerd op succesvolle assemblage en identificatie van genen kan niet vooruitgaan zonder. Zelfs voordat genen worden gevonden, kan een succesvolle genoomassemblage nog steeds veel nuttige informatie genereren voor latere analyse, waaronder de grootte van het genoom, de structuur ervan en de algemene samenstelling ervan.

Het proces van genoomassemblage is als een puzzel in elkaar zetten zonder een foto of nuttige vormen als een gids. Wanneer geconfronteerd met de sparrenT genoomstukken, raw -lezingen genoemd, er zijn zelden enige indicaties waar een bepaald stuk naartoe gaat, of zelfs hoe het is georiënteerd. Elk stuk wordt op dezelfde manier gecodeerd met de vier DNA -basen, afgekort A, C, G en T. Het genoom kan worden verdicht in één groot chromosoom of in velen worden opgesplitst. Er is ook geen garantie dat sommige van de RAW -lezingen geen duplicaten zijn van hetzelfde genoomgebied, wat zou betekenen dat er minder unieke informatie bestaat dan op het eerste gezicht.

Algemene kennis van de genoomstructuur is van onschatbare waarde bij het starten van het assemblageproces. Hoewel genomen tussen soorten aanzienlijk verschillend zijn, zijn er bepaalde regels die specifieke genoomtypen volgen, en deze kunnen worden toegepast bij het samenbrengen van een ander genoom van hetzelfde type. Als een bepaald type organisme bijvoorbeeld altijd een bepaald patroon in de buurt heeft waar genen worden gevonden, zou men redelijkerwijs kunnen aannemen bij het samenstellenEen ander vergelijkbaar organisme, dat het vinden van een dergelijk patroon een gen in de buurt zou signaleren. Op grotere schaal hebben veel bacteriële genomen één cirkelvormig chromosoom, dus het zou redelijk zijn om te anticiperen dat alle ruwe lezingen van een nieuwe bacteriën op de een of andere manier in elkaar zouden passen op één chromosoom. Door algemene genetische kennis op deze manier toe te passen kan een onderzoeker in staat stellen om potentieel honderdduizenden gegevens te begrijpen.

Er zijn veel andere methoden die kunnen worden gebruikt in genoomassemblage, inclusief computationele voorspellingen en handmatige vergelijkingen. Ongeacht de methode, genoomassemblage is een grote taak die vaak tijdrovend en moeilijk is. Omdat het de basis is voor veel toekomstige genetische analyses op een organisme, is er weinig ruimte voor fouten.