Hva er en proksimal promotør?

En proksimal promoter er et område i Deoxyribonucleic acid (DNA) rett før begynnelsen av et gen der proteiner og andre molekyler binder seg i forberedelse til å lese dette genet. Promotorregionen er essensiell for at de fleste gener skal leses og transkriberes til protein, både i enkle prokaryote celler og i de mer komplekse eukaryoter. En rekke proteiner kalt transkripsjonsfaktorer binder seg til DNA i denne regionen, og de utfører mange oppgaver som forbereder seg på gentranskripsjon. Den viktigste av disse funksjonene er å bygge et stillas med proteiner som holder DNA åpent og transkriberer riktig gen på samme tid.

Den eksakte plasseringen og strukturen til en proksimal promotor varierer mellom gener og celletyper. Prokaryotiske celler, de uten kjerner, har vanligvis en type promoter, mens eukaryote celler, de med en ekte kjerne, har en annen. Promotører ligger vanligvis noen få nukleotider oppstrøms for eller før genet som de kontrollerer. Nesten hver promoter inneholder en spesiell sekvens av nukleotider som identifiserer den som sådan. Generelt identifiseres prokaryote promotorer av en gruppe nukleotider kalt Shine-Dalgarno-sekvensen, og eukaryote promotorer identifiseres ved en spesifikk genetisk sekvens kalt TATA-boksen.

Til tross for disse relativt enkle reglene, følger ikke alle proksimale promotorer dem, noe som kan gjøre det vanskelig å identifisere dem, og genene de kontrollerer. Avstanden mellom en promoter og dets gen er ikke fastlagt i en art eller innenfor en enkelt organisme, så det er ikke trivielt å bestemme hvor de sitter i forhold til hverandre. Proksimale promotorsekvenssammensetninger er ikke alltid like; de kan være veldig lange, sammensatte eller begge deler. I tillegg har merkesekvensene til Shine-Dalgarno-boksen eller TATA-boksen en viss variasjon i seg. Hvordan de varierte transkripsjonsfaktorene gjenkjenner promotører i møte med denne iboende variasjonen er ikke lett å bestemme, og nye eksempler dukker ofte opp som stiller spørsmålstegn ved disse tidligere robuste løsningene.

Når et gen er veldig nær et annet gen, eksisterer muligheten for at dens proksimale promoter kan bli påvirket av virkningen av det nærliggende genet. Noen ganger gjøres dette målrettet i genomet, kanskje for å stimulere flere gener på en gang eller regulere handlingen deres samtidig. Andre ganger blir en forbindelse mellom to gener gjennom en promotors aktivitet gjort feil. For å forhindre denne tverrtalen mellom gener der det ikke er berettiget, har noen genom isolatorregioner mellom seg. Denne ekstra regionen er ikke alltid nødvendig, og noen genom forhindrer kryssprat ved genposisjonering på andre måter, som å tvinge et gen til å være inaktivt mens et annet er aktivt.