I biologi, hva er en konsensusrekkefølge?
En konsensussekvens er et sett med proteiner, eller nukleotider i deoksyribonukleinsyre (DNA), som vises regelmessig. Aminosyrene adenin, guanin, cytosin og timin utgjør genetiske sekvenser i DNA. Molekylærbiologer bruker ofte statistikk for å forutsi hvor en viss sekvens av dem vil være, eller for å forstå hvor bestemte molekyler har en tendens til å binde seg. Hvor aminosyresekvensene forblir de samme og hvor de har en tendens til å variere, kan bli representert med en formel. Når det gjelder en konsensuspromotorsekvens, kan en bestemt type enzym binde seg til steder med lignende sekvenserte proteiner.
Genetikere, som forskere i mange vitenskapelige fagområder, bruker ofte substitusjoner for å forenkle komplekse systemer. Det er så mange aminosyrebaser og gener i kroppen at forskere ikke kan telle dem med mindre det er noe generelt system for å gjøre det. En konsensussekvens kan vises på mange steder i DNA, så vel som i forskjellige levende ting. Likhetene og forskjellene som har en tendens til å oppstå kan indikeres med en formel.
Statistisk sett kan forskere klassifisere genetiske sekvenser for å se etter mønstre. Gjentagende mønstre, kalt sekvensmotiver, brukes vanligvis til å representere genetiske områder som kontrollerer spesifikke biologiske prosesser. Konsensussekvenser kan også gi innsikt i hvordan proteiner syntetiseres eller hvordan molekyler ledes i en celle.
I notasjonen av en konsensussekvens kan plasseringen av noen nukleotider vise at de alltid er på det representerte stedet. Det kan også indikeres at det ene nukleotidet eller det andre kan være der. I dette tilfellet er det ofte ikke oppgitt hvor ofte en aminosyre vises i stedet for en annen. Noen ganger brukes en grafisk modell for å indikere denne frekvensen ved å øke eller redusere størrelsen på symboler. Noen programmer kan generere sekvenslogoer automatisk.
Ofte samsvarer en konsensus-sekvens med et anerkjent proteinbindingssted. For å skildre sekvenser på genomet nøyaktig, brukes ofte matematiske formler. Disse inkluderer statistiske formler som logaritmer og numeriske verdier, som kan være positive eller negative, for å representere plasseringen av genetisk informasjon. Prosesser i genomet for normale biologiske funksjoner, så vel som de som er relatert til sykdommer, kan analyseres på denne måten.
De matematiske representasjonene av en konsensussekvens gir generelt en modell av DNA og aminosyremønstre. Et nøyaktig bilde er vanligvis ikke gitt. Sekvensene kan imidlertid hjelpe forskere å relatere de funksjonelle aspektene ved forskjellige deler av genomet til evolusjonsmønstre av organismer.