Hva er de forskjellige typene RNA-isolasjonssett?
De fleste isolasjonssett for ribonukleinsyre (RNA) kan isolere RNA av høy kvalitet fra et bredt spekter av vev og typer organismer, inkludert planter, dyr og virus. Mitokondrialt og ribosomalt RNA - henholdsvis mRNA og rRNA - kan kreve spesialiserte RNA-isolasjonssett som er spesifikke for små tråder av RNA. Andre faktorer som kan variere mellom forskjellige isolasjonssett er mengden prøver hvert sett kan behandle og tiden det tar å fullstendig behandle en prøve.
De vanligste typene RNA-isolasjonssett kan brukes til et stort utvalg av applikasjoner, uavhengig av hvor RNA kommer fra. Pattedyrceller og vev er blant de mest dominerende kildene som brukes til RNA-isolering og rensing. Plante celler og virus brukes også i molekylærbiologiske eksperimenter som krever bruk av et RNA-isolasjonssett.
Når vevs- eller blodprøven er samlet, må den være forberedt for RNA-isolasjon under en kritisk prosess kjent som cellulær nedbrytning, separasjon eller forstyrrelse. Hvis det cellulære materialet ikke er fullstendig forstyrret, vil RNA-isolasjonsprosessen gi mindre RNA. De beste RNA-isolasjonssettene inkluderer materialer og forsyninger for cellulær nedbrytning før isolering og RNA-rensing etter isolering.
I spesielle tilfeller der et eksperiment krever mRNA eller rRNA, er spesialiserte RNA-isolasjonssett tilgjengelige for RNA-strenger som er spesielt små. Materialene og rekvisitaene som er inkludert i et slikt sett, kan være forskjellige når det gjelder mengde og størrelse. Disse RNA-isolasjonssettene er mindre vanlige enn RNA-settene med flere formål, og det kan være en betydelig kostnadsforskjell.
Mange vanlige RNA-isolasjonssett er designet for bruk med alle typer vev og celler og kan fullføre en reaksjon i løpet av omtrent 20 minutter. Tiden det tar for fullstendig cellulær nedbrytning kan variere avhengig av hvor i organismen cellene ble samlet. Utover trinnet med cellulær nedbrytning er RNA-isolasjonsprosessen og etterfølgende rensing relativt standard med tanke på prosedyre og tid.
En annen funksjon som kan være spesifikk for visse sett, er mengden prøve som er nødvendig for å behandle reaksjonen. Mens noen isolasjonssett kan kreve et relativt stort prøvevolum, kan andre sett fungere bra med et mindre volum. Denne forskjellen kan være en fordel hvis prøvevolumet er en begrensende faktor.
Flere produsenter av RNA-isolasjonssett har sammenligningstabeller tilgjengelig på Internett. Disse kartene kan brukes til å se forskjellene mellom de forskjellige settene de produserer. Forskjellene kan omfatte spesialiserte applikasjonstyper, kjemikalier og nødvendige prøvemengder.