Hva er en Contig?
En contig, forkortelse for sammenhengende, refererer til enten et deoksyribonukleinsyre (DNA) segment eller produktet av overlappende segmenter som danner en kontinuerlig, omfattende, uavbrutt DNA -sekvens. Ved å studere kart over disse segmentene, er det mulig å oppdage rekkefølgen på segmenter som omfatter forskjellige sekvenser, og konturer kan legges til, fjernes eller omorganiseres for å danne nye sekvenser. DNA Contig -kartlegging og biblioteker lar forskere identifisere justeringer som kan forårsake sykdom, gi en bedre forståelse av hvordan celler reagerer under visse forhold, og muliggjør evnen til å klone gunstige egenskaper i levende organismer.
Genomiske konturer er koblet til hverandre ved overlapping av matchende sekvens -taggede sett eller ved å matche uttrykte sekvensmerker. Ved å forstå denne byggesteinprosessen som brukes av basene til DNA -segmenter, kan kontigs replikert eller klonet inn i ønskelige sekvenser, legge til eller eliminere mindre gunstige segmenter. Forskere ser på disse sekvensenesom kart på svært detaljerte, datastyrte DNA -programmer. Programmet gir en visuell sammenbrudd av basene som brukes til å konstruere segmentene, og segmentene som brukes til å bygge bestemte sekvenser. Ved hjelp av forskjellige fargevalg viser forskjellige Contig -programmer denne informasjonen som lave, mellomstore og høykvalitetssekvenser.
Contig -kartlegging kaster ofte lys over årsakene til genetiske lidelser. Williams syndrom produserer for eksempel symptomer på flere systemer hos barn, inkludert kardiovaskulære problemer, forhøyede kalsiumnivåer i blodet og unnlatelse av å trives. Forskere oppdaget at sletting av bånd som påvirker visse gener, som kan være forårsaket av upassende overlapping av contigs. En annen genetisk barndomsforstyrrelse, CRI-DU-Chat-syndrom, produserer også flere symptomer, som hver forskere mener korrelerer med slettinger og unormal posisjonering.
Forskere også analYze Contig -sekvenser i plantearter. Hver plante inneholder sekvensering som er unik for den planten, og ved å skaffe kart over individuelle plantearter oppdager forskere lignende og varierende egenskaper som kan bidra til helse eller forverring av en bestemt plantetype. Ved å analysere Contig -segmenter og sekvenser i sykdommer som bærer organismer, kan leger bestemme egenskaper som deretter kan brukes i behandlingsutvikling. Kartlegging gir visuell innsikt i mulige genetiske manipulasjoner gjennom sekvens -sletting eller kloning.
Forskere kan vokse klonede DNA -prøver i bakterielt kunstig kromosom, gjær kunstig kromosom, eller i P1 eller faglige kunstige kromosommedier. Disse kromosomene inneholder hvor som helst fra 50 til hundretusener av baser, som kompilerer contig -segmenter. Etter en periode med kolonisering blir prøver ekstrahert ved bruk av en sprøyte og plassert i DNA -sekvenseringsgel, som gjennomgår elektroforese og tørker. En autoradiograf leserprøve og fingeravtrykk sekvensene. Forskere skanner deretter fingeravtrykket til en bildefil, som senere kan lastes inn i et Contig -program.