Hva er genomkommentarer?

Genomkommentering merker deler av et genom med informasjon om genetiske data det inneholder. Dette er en del av prosessen ved genomprosjekter, der målet ikke bare er å sekvensere DNA fra en målorganisme, men å forstå hva den gjør og hvordan den fungerer. Forskere kan utføre kommentarer i laboratoriene sine og kan dele data med andre forskere for å samle ressurser og informasjon. Online databaser som er åpne for allmennheten er tilgjengelige, og noen tillater også allmennheten å sende inn egne merknader.

Det første trinnet i genomannotering er sekvensering, der forskere bestemmer rekkefølgen av aminosyrer i en organisms DNA. Det tar lang tid å sekvensere et helt genom, og det er vanlig at forskere begynner å kommentere før genomet er dekodet. Med en seksjon av sekvensert DNA i hånden, kan en forsker begynne å kommentere. Forskere kan merke seg hvor gener ser ut til å starte og stoppe, og ta hensyn til særegne DNA-strenger som inneholder informasjon om genomets funksjon.

Datamaskiner er i stand til å utføre noen genomkommentarer på egen hånd. De kan søke kjente mønstre, for eksempel strenger av aminosyrer som vises i begynnelsen og slutten av gener. I automatisert merknad kan datamaskinen legge til notater til forskjellige deler av en streng med DNA for å gi informasjon om det. Det er også mulig å sammenligne segmenter fra forskjellige organismer for å se etter varians som kan gi viktig informasjon om arten som helhet.

Manuell genomkommentasjon innebærer fysisk gjennomgang av DNA. Mange forskere bruker datamaskiner for å vise informasjonen og merke den, slik at de kan legge den inn i databaser mens de fungerer. I noen tilfeller kan det være nødvendig med en manuell gjennomgang etter automatisert merknad, for å sikre at datamaskinen har informasjonen riktig. Dette kan være en møysommelig prosess og feil oppstår, som er en grunn til at forskere liker å samle databaser. Hvis en merknad ikke samsvarer med andre på den samme delen av DNA, kan folk evaluere informasjonen for å finne ut hva som skjedde, og fikse feilen.

Det er ikke alltid mulig å bestemme hva et gen gjør under genomannotasjonsprosessen. Forskere kan flagge gener og skille dem fra andre komponenter i genomet, for eksempel ikke-kodende DNA som gjentakelser. Denne informasjonen kan brukes i forskning når mennesker utvikler teorier om forskjellige segmenter av genomet. De kan legge til merknadene for å merke funksjonen til et gen.