Hva er total RNA?
Ribonukleinsyre (RNA) er en polymer som er involvert i proteinsyntese, genreplikasjon og deoksyribonukleinsyre (DNA) replikasjon. En polymer er et molekyl laget av lineære kjeder, så RNA er lineær kjede laget av ribonukleotider. Hvert ribonukleotidmolekyl består av en nitrogenbase med en fosfatgruppe og ribose. Total RNA refererer til RNA som ble ekstrahert eller isolert fra celler eller vev med det formål å genetisk kartlegge. Denne typen komplett RNA kan isoleres fra encelleorganismer, dyrevev, plantevev, gjær og sopp
Total RNA ekstraheres fra celler og vev under en prosess som kalles RNA-isolasjon. Celleforstyrrelse er det første og viktigste trinnet i denne prosessen, og cellene kan forstyrres ved hjelp av mekaniske midler, for eksempel homogenisering, eller ved tilsetning av enzymer. Enzymer kjemisk bryter belegget eller kapslen til en celle slik at det totale RNA kan isoleres. Under isolasjonen av totalt RNA blir lipider, proteiner og DNA fjernet fra RNA slik at det blir igjen i sin reneste form.
Det er en rekke forskjeller mellom RNA og DNA, selv om de to nukleotidene kobles sammen for å danne kjeder. RNA er en enkeltkjedet polymer, mens DNA er dobbeltstrenget. I tillegg inneholder DNA deoksyribose mens RNA bare inneholder ribose.
Selv om den mest grunnleggende strukturen til RNA er en kjede, kan RNA ha sekundære og tertiære strukturer. Sekundære strukturer er ofte spiralformede og inkluderer hårnåler, løkker og knute-lignende former. Tertiære strukturer er de mest komplekse og oppstår når fjerne nukleotider interagerer med hverandre. Forskere bruker disse strukturene for å forstå og bestemme funksjonene til forskjellige RNA-molekyler.
Når et RNA-molekyl er syntetisert under transkripsjon, må det gjennomgå prosessering før det er klart til å utføre sin tiltenkte funksjon. Prosessering innebærer å endre segmenter eller tråder av spesifikke nukleotider. RNA-molekyler med forskjellige funksjoner har forskjellige navn. For eksempel heter messenger RNA (mRNA) fordi det er ansvarlig for å overføre den genetiske koden fra DNA til ribosomene som ble brukt under proteinsyntese.
Proteinsyntese, som vitenskapelig omtales som translasjon, krever to tilleggstyper RNA i tillegg til mRNA. Oversettelse RNA, eller tRNA-molekyler, tilpasser nukleotider i mRNA til aminosyrer under translasjon. RNA-molekylet som er ansvarlig for å knytte ribosomer til voksende proteinkjeder, kalles rRNA. De tre hovedtyper av RNA er pålagt å være til stede for flere RNA-funksjoner. I tillegg spiller de fleste av de mindre vanlige typene RNA en rolle i oversettelse ved å utføre essensielle funksjoner i kjernen og cytoplasma.