Co to jest analiza mikromacierzy?

Analiza mikromacierzy DNA jest stosowana w biologii molekularnej i medycynie diagnostycznej w celu ustalenia, które geny w komórce są włączone w określonym momencie. Ta technika jest znana jako test multipleksowy, ponieważ może mierzyć tysiące próbek w jednym teście. Techniki mikroanalizy DNA są wykorzystywane do interpretacji danych z testów przeprowadzonych na RNA, a także DNA, w zależności od konkretnych wymagań eksperymentu.

Podstawą analizy mikromacierzy DNA jest wysoka swoistość cząsteczek DNA i zdolność do wyboru unikalnych sekwencji DNA do reprezentowania konkretnego genu. Eksperyment z analizy mikromacierzy przeprowadzany jest na stałej powierzchni wykonanej z szklanego lub silikonowego układu, na którym jest matryca chemiczna. Na powierzchni matrycy DNA lub sondy RNA są ustawione w kolejnych rzędach.

Po skonfigurowaniu układu z wymaganymi sondami przygotowywane są komórki. Aby przygotować komórki, należy je otworzyć, aby zawierane przez nich kwasy nukleinowemożna izolować. Seria odczynników dodaje się w celu ekstraktu i koncentrowania kwasów nukleinowych zawartych w komórkach. Następnie do chipu dodaje się ekstrakt z kwasu nukleinowego, który następnie pozostaje na kilka godzin, aby umożliwić czas interakcji sond i wiązanie się z komórkowymi kwasami nukleinowymi. Wreszcie do układu Chip dodaje się kolejną serię odczynników w celu zidentyfikowania lokalizacji, w których komórkowe kwasy nukleinowe związały się z sondami.

Analiza mikromacierzy jest następnie stosowana do ustalenia, które sondy były w stanie wykryć komórkowe kwasy nukleinowe. Jest to często złożona analiza, ponieważ jeden pojedynczy układ może zawierać dziesiątki tysięcy unikalnych sond. Kolejność sond na układie jest przechowywana w komputerowej bazie danych, aby można było łatwo uzyskać wyniki. Korzystając z układu i bazy danych, naukowca może opracować listę genów związanych z sondami, a zatem były obecne w oryginalnym ekstrakcie komórkowym.

Technika analizy mikromacierzy jest powszechnie stosowana w profilowaniu ekspresji genów. W tego rodzaju eksperymencie mikromacierz jest ustawiany w celu zbadania wzorców ekspresji genów w komórkach. Sondy dla przedmiotowych genów są zawarte w mikromacierze, a po zakończeniu eksperymentu analiza danych mikromacierzy może określić, który z badanych genów został włączony w określonym czasie.

Inne zastosowania tej techniki obejmują porównawczą hybrydyzację genomową i wykrywanie SNP. Porównawcza hybrydyzacja genomowa jest testem, który analizuje zawartość genomową w komórkach powiązanych organizmów. Ten rodzaj testu zawiera informacje o relacjach genetycznych między różnymi gatunkami.

Wykrywanie SNP jest techniką, którą można zastosować w analizie sądowej, analizie powiązań genetycznych i oceny ryzyka choroby genetycznej. SNP są polimorfizmami pojedynczymi nukleotydami, lokalizacjami genomu, w których istnieją dwie możliwe sekwencje pary podstawowej. SNP mogą zapewnić szereg przydatnychInformacje genetyczne ze względu na fakt, że istnieją różne różnice SNP w różnych populacjach etnicznych i geograficznych.