Co to jest Contig?
Kontig, skrót od ciągłego, odnosi się albo do segmentu kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA), albo do produktu nakładających się segmentów, które tworzą ciągłą, rozległą, nieprzerwaną sekwencję DNA. Studiując mapy tych segmentów, można odkryć kolejność segmentów zawierających różne sekwencje, a kontigi można dodawać, usuwać lub przestawiać w celu utworzenia nowych sekwencji. Mapowanie contig DNA i biblioteki pozwalają badaczom zidentyfikować dopasowania, które mogą powodować choroby, zapewniają lepsze zrozumienie reakcji komórek w określonych warunkach oraz umożliwiają klonowanie korzystnych cech w żywych organizmach.
Kontigi genomowe są połączone ze sobą przez nakładanie się pasujących zestawów znakowanych sekwencji lub dopasowanie pasujących wyrażonych znaczników sekwencji. Dzięki zrozumieniu tego procesu budowania bloku stosowanego przez zasady segmentów DNA, kontigi można replikować lub klonować do pożądanych sekwencji, dodając lub eliminując mniej korzystne segmenty. Naukowcy postrzegają te sekwencje jako mapy bardzo szczegółowych, skomputeryzowanych programów DNA. Program zapewnia wizualny podział zasad używanych do konstruowania segmentów oraz segmentów używanych do konstruowania określonych sekwencji. Używając różnych schematów kolorów, różne programy contig wyświetlają te informacje jako sekwencje niskiej, średniej i wysokiej jakości.
Mapowanie Contig często rzuca światło na przyczyny zaburzeń genetycznych. Na przykład zespół Williamsa powoduje objawy wieloukładowe u dzieci, w tym problemy sercowo-naczyniowe, podwyższony poziom wapnia we krwi i brak zdolności do rozwoju. Naukowcy odkryli delecje pasm wpływające na niektóre geny, które mogą być spowodowane niewłaściwym nakładaniem się kontigów. Kolejne genetyczne zaburzenie wieku dziecięcego, zespół cri-du-chat, powoduje również wiele objawów, z których każdy zdaniem naukowców koreluje z delecjami i nieprawidłowym pozycjonowaniem.
Naukowcy analizują również sekwencje kontry w gatunkach roślin. Każda roślina zawiera sekwencjonowanie unikalne dla tej rośliny, a poprzez uzyskanie map poszczególnych gatunków roślin naukowcy odkrywają podobne i różnorodne cechy, które mogą przyczyniać się do zdrowia lub pogorszenia się określonego rodzaju rośliny. Analizując segmenty konturowe i sekwencje w organizmach przenoszących choroby, lekarze mogą określić cechy, które można następnie wykorzystać w rozwoju leczenia. Mapowanie zapewnia wizualny wgląd w możliwe manipulacje genetyczne poprzez delecję sekwencji lub klonowanie.
Naukowcy mogą hodować sklonowane próbki DNA w sztucznym chromosomie bakteryjnym, sztucznym chromosomie drożdży lub w sztucznym chromosomie P1 lub sztucznym chromosomie. Te chromosomy zawierają od 50 do setek tysięcy zasad, które kompilują segmenty contig. Po okresie kolonizacji próbki są ekstrahowane za pomocą strzykawki i umieszczane w żelu do sekwencjonowania DNA, który ulega elektroforezie i wysycha. Autoradiograf odczytuje próbkę i odczytuje sekwencje odcisków palców. Następnie naukowcy skanują odcisk palca do pliku obrazu, który później można załadować do programu contig.