Co to jest mikromacierz?

Mikromacierz to sekwencja kropek DNA, białka lub tkanki rozmieszczonych na szyku w celu łatwej równoczesnej analizy. Najbardziej znana jest mikromacierz DNA, która odgrywa integralną rolę w profilowaniu ekspresji genów. Materiałem podłoża jest szkło, plastik lub krzemowy chip. Alternatywne nazwy mikromacierzy DNA obejmują chip genowy, chip DNA i biochip . Małe fragmenty DNA nazywane są sondami .

Mikromacierz można wykonać na wiele sposobów. Najbardziej prymitywne jest po prostu upuszczenie DNA na szkiełka przy użyciu szpilek. Bardziej zaawansowane techniki wykorzystują fotolitografię, podejścia elektrochemiczne, a nawet drukowanie atramentowe - wszystko, co może dokładnie dostarczyć DNA do konkretnego miejsca.

Mikromacierz DNA jest produktem z przełomu lat 80. i 90. XX wieku, kiedy biotechnologia naprawdę zaczęła się rozwijać. Mikromacierz pozwala badaczowi wykonać sekwencję testów na wszystkich próbkach jednocześnie, znacznie przyspieszając badania. Tradycyjne eksperymenty biologiczne działają na rzeczy pojedynczo. Sondy są czasami oznaczone kropkami zwanymi fluoroforami, gdy nie można ich łatwo rozdzielić.

Niektóre z największych mikromacierzy wykonanych przez firmy takie jak NimbleGen Systems zawierają aż 390 000 spotów. Mikromacierz jest często używana do analizy całego genomu organizmu, który może zawierać dziesiątki lub więcej chromosomów, każdy z własnym DNA i RNA. Niestety nie wszystkie mikromacierze są ze sobą kompatybilne i istnieje wyraźny brak standardów. Trwają prace normalizacyjne, ale jak dotąd nie przyniosły one większych sukcesów.

Podobnie jak większość najnowocześniejszych programów badawczych w dziedzinie biotechnologii, testy mikromacierzy mogą generować ogromne ilości danych, dając początek dziedzinie bioinformatyki , która ma sens. Mogą istnieć odkrycia i korelacje, które już zmierzyliśmy, ale po prostu nie zauważyliśmy z powodu przepełnienia danych. Eksploracja danych jest szeroko wykorzystywana do analizy wyników tych złożonych eksperymentów.