Co to jest marker masy cząsteczkowej?
Marker masy cząsteczkowej jest cząsteczką stosowaną do oszacowania wielkości cząsteczek poddanych elektroforezie żelowej. Jest to technika, w której DNA, RNA lub białka są rozdzielane według wielkości przy użyciu prądu elektrycznego na żelu. Tego terminu nie należy mylić z markerami molekularnymi w genetyce - obszarach, w których DNA organizmu różni się od reszty populacji i można go zidentyfikować za pomocą sondy DNA.
Markery masy cząsteczkowej białka są powszechnie stosowane, gdy białka są rozdzielane za pomocą elektroforezy żelowej. Marker masy cząsteczkowej to grupa białek o znanej masie cząsteczkowej, które są generalnie dostarczane przez firmy biotechnologiczne w określonym zakresie wielkości. Jeden wybiera zakres wielkości na podstawie badanych próbek. Markery masy cząsteczkowej są ładowane razem i rozdzielane podczas przebiegu. Mierząc odległość przebytą przez markery i białko będące przedmiotem zainteresowania, można określić wielkość eksperymentalnego białka.
Różne typy markerów można wizualizować na różne sposoby. Niektóre markery molekularne są nieznakowane i są barwione w żelu za pomocą reszty białek. Nie są widoczne, dopóki cały żel nie zostanie zabarwiony. Inne rodzaje białkowych markerów molekularnych są wstępnie zabarwione kolorami, a każdy rodzaj białka ma inny kolor. Separacja jest widoczna podczas działania żelu.
Jedną z zalet wstępnie zabarwionego markera masy cząsteczkowej są Western blot. Jest to technika, w której białka są przenoszone na błonę, a następnie barwione przeciwciałami w celu wykrycia określonego białka. Posiadanie kolorowych markerów pomaga ustalić, czy transfer białek jest zakończony, zanim przejdzie się do dalszej procedury.
Markery masy cząsteczkowej są powszechnie stosowane do analizy DNA na żelach. Często markery molekularne DNA powstają z bakteryjnego wirusa lambda . Enzymy restrykcyjne są wytwarzane przez bakterie w celu trawienia DNA organizmów atakujących, a enzym restrykcyjny HindIII jest często stosowany do degradacji DNA lambda. Tworzy serię odtwarzalnych fragmentów o różnej wielkości, znanych jako drabina DNA . Porównując odległość przebytą przez standardy w skali logarytmicznej, można określić rozmiar analizowanych fragmentów DNA.
Ten marker masy cząsteczkowej DNA można wykorzystać do analizy wielkości DNA wytworzonego podczas izolacji genów oraz w eksperymentach inżynierii genetycznej. Można go również stosować podczas reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), w której małe ilości DNA lub RNA są amplifikowane w celu wytworzenia dużych ilości produktu. Techniki PCR są powszechnie kojarzone z testami na ojcostwo i kryminalistyką, ale są również bardzo powszechne w badaniach medycznych i podstawowych badaniach biologicznych. Dostępne są specjalne markery masy cząsteczkowej dla mniejszych produktów generowanych z niektórych rodzajów PCR lub małych cząsteczek RNA.