Co to jest Northern blot?

Hybrydyzacja Northern blot jest techniką stosowaną do wykrywania poziomów RNA (mRNA) przekaźnika (mRNA) w próbce i do oceny ilościowej obecnej mRNA. Chociaż istnieją inne mocniejsze techniki, Northern blot pozostaje standardem ze względu na swoją prostotę i łatwość użycia. Technika Northern Blotting pozwala również na bezpośrednie porównanie wielu próbek w jednym eksperymencie.

Messenger RNA jest rodzajem kwasu nukleinowego, który jest wytwarzany podczas wyrażania genu. Gen, który jest włączony i funkcjonalny w komórce, jest transkrybowany do mRNA. MRNA jest następnie transportowany do cytoplazmy komórki, gdzie jest on tłumaczony na białko. Analiza Northern blot próbki komórkowej mRNA może zatem dostarczyć przydatne informacje o tablicy białek, które wytwarza komórka.

W Northern blot mRNA jest ekstrahowane z komórek i przechodzą przez denaturującą elektroforezę żelu agarozową, co pozwala mRNA w próbce oddzielić się do wielkości. SaMPLE cząsteczek mRNA o znanych rozmiarach uruchamiane są jednocześnie w celu zapewnienia kontroli. Po zakończeniu elektroforezy próbki są przenoszone i unieruchomione na stałej membranie, zwykle wykonane z materiału takiego jak nylon. Próbki są następnie narażone na sondy z radioaktywnymi przez kilka godzin przed analizą. Podczas analizy mRNA, które hybrydyzowało z sondy z radioaktywowaną sondy, można wyraźnie wykryć za pomocą promieniowania rentgenowskiego.

Technika Northern Blotting pozwala obserwować wzorce ekspresji genów między różnymi typami tkanek. Można porównać RNA komunikatora ekstrahowane z komórek różnych tkanek i typów narządów, a można zbadać odpowiedzi komórkowe na stres, infekcję i wiele innych bodźców. Patrząc na różnice w ekspresji mRNA w różnych warunkach, naukowiec może określić, jakie rodzaje białek wytwarzają komórka w odpowiedzi na niektóre bodźce. To możeZapewnij wskazówki na temat funkcji nieznanych białek lub w przypadku znanych białek, informacji o odpowiedzi komórkowej na bodźce.

Na przykład

Northern blot może wykazać, że ekspresja nieznanego białka wzrasta w odpowiedzi na obecność specyficznej toksyny. Można zatem teoretycznie, że białko bierze udział w zmniejszaniu toksyczności, być może poprzez transport substancji chemicznej z komórki lub przekształcenie go w metabolit. Jeśli badane są znane białka, dokumentowanie zmian w ekspresji białka może dostarczyć informacji o samej odpowiedzi. Jeśli na przykład wzrosła ekspresja znanego transportera molekularnego, można było potwierdzić, że odpowiedź komórkowa na toksynę polega na transportu toksyny z komórki.