Co to jest transkryptom?
Transkryptom jest kompletnym zbiorem RNA z organizmu, grupy komórek, a nawet określonej komórki. RNA jest syntetyzowany z DNA w procesie znanym jako transkrypcja. RNA obecny w komórce i ciele określa, które geny zostaną poddane ekspresji i zmienia się w ciągu życia organizmu, w przeciwieństwie do DNA, który pozostaje statyczny. Presja środowiskowa jest jedną z głównych przyczyn zmian, ponieważ organizm stara się przystosować do zmieniających się warunków środowiskowych, aby utrzymać swoje funkcjonowanie.
Transkryptom jest znacznie mniejszy niż genom organizmu, kompletny zbiór DNA w organizmie. Mówiąc prościej, można by pomyśleć o DNA jak o książce kucharskiej, zawierającej pełny zbiór przepisów, które można przygotować. Transkryptom to kod, który określa, które przepisy będą przygotowywane i kiedy. Książka kucharska pozostaje statyczna przez całe życie, podczas gdy transkryptom zmienia się w odpowiedzi na czynniki środowiskowe.
Ważną częścią transkryptomu są cząsteczki mRNA. Posłaniec RNA to RNA, który komunikuje się z rybosomami w komórkach, kierując komórki w celu wytworzenia różnych białek. Białka te są wykorzystywane do wielu różnych funkcji. Inne części mogą nie kodować bezpośrednio produkcji białka, ale zajmują się określaniem struktury komórki i regulacją ekspresji genów. Razem różne składniki transkryptomu utrzymują funkcjonowanie organizmu i określają ekspresję genów w tym organizmie.
W różnych komórkach ciała transkryptom może być bardzo różny. Komórki wątroby, na przykład, mają RNA, co czyni je komórkami wątroby i zapewnia, że komórki spełniają niezbędne funkcje. Z drugiej strony komórki skóry mają inny transkryptom, który aktywuje geny niezbędne do przekształcenia komórki w komórkę skóry. Zarówno komórki wątroby, jak i skóry mają pełną kopię genomu, ale ich transkryptomy określają, które części genomu są aktywowane.
Podobnie jak w przypadku DNA, możliwe jest sekwencjonowanie RNA. Sekwencjonowanie transkryptomu można wykonać, aby dowiedzieć się więcej o działaniach komórki i DNA organizmu gospodarza oraz aby zidentyfikować miejsca, w których ekspresja informacji genetycznej jest nieprawidłowa. Kiedy na przykład komórka wątroby staje się złośliwa, dzieje się tak dlatego, że transkryptom nie działa tak, jak powinien, a geny złośliwości uaktywniły się lub komórki w jakiś sposób nie są regulowane, co powoduje ich niekontrolowany wzrost. Sekwencjonowanie RNA w złośliwej komórce może pomóc badaczowi dowiedzieć się, który gen został aktywowany lub inaktywowany w celu spowodowania złośliwości.