Co to jest adnotacja w genomie?
Adnotacja do genomu oznacza sekcje genomu informacją o zawartych w nim danych genetycznych. Jest to część procesu w projektach genomu, w którym celem nie jest tylko sekwencjonowanie DNA docelowego organizmu, ale zrozumienie, co on robi i jak funkcjonuje. Badacze mogą przeprowadzać adnotacje w swoich laboratoriach i mogą dzielić się danymi z innymi naukowcami w celu połączenia zasobów i informacji. Internetowe bazy danych otwarte dla publiczności są dostępne, a niektóre pozwalają również ogółowi społeczeństwa na przesyłanie własnych adnotacji.
Pierwszym krokiem w adnotacji genomu jest sekwencjonowanie, w którym badacze określają kolejność aminokwasów w DNA organizmu. Sekwencjonowanie całego genomu zajmuje dużo czasu i naukowcy często zaczynają dodawać adnotacje, zanim genom zostanie zdekodowany. Mając sekcję sekwencjonowanego DNA w ręku, badacz może zacząć dodawać adnotacje. Naukowcy mogą zauważyć, gdzie geny zaczynają się i kończą, zwracając uwagę na charakterystyczne ciągi DNA, które zawierają informacje o funkcji genomu.
Komputery są w stanie same wykonać adnotację genomu. Mogą szukać znanych wzorców, takich jak łańcuchy aminokwasów, które pojawiają się na początku i na końcu genów. W automatycznych adnotacjach komputer może dodawać notatki do różnych sekcji łańcucha DNA w celu dostarczenia informacji na jego temat. Możliwe jest również porównanie segmentów z różnych organizmów w celu znalezienia wariancji, która może dostarczyć ważnych informacji na temat gatunku jako całości.
Ręczna adnotacja w genomie polega na fizycznym przejrzeniu DNA. Wielu badaczy używa komputerów do wyświetlania informacji i oznaczania ich, umożliwiając im wprowadzanie ich do baz danych podczas pracy. W niektórych przypadkach po automatycznej adnotacji może być konieczne ręczne sprawdzenie, aby upewnić się, że komputer poprawnie podał informacje. Może to być żmudny proces i występują błędy, co jest jednym z powodów, dla których badacze lubią łączyć bazy danych. Jeśli adnotacja nie pasuje do innych w tej samej sekcji DNA, ludzie mogą ocenić informacje, aby ustalić, co się stało, i naprawić błąd.
Nie zawsze jest możliwe określenie, co robi gen podczas procesu adnotacji w genomie. Naukowcy mogą oznaczać geny i oddzielać je od innych składników genomu, takich jak niekodujące DNA, takie jak powtórzenia. Informacje te można wykorzystać w badaniach, gdy ludzie opracowują teorie na temat różnych segmentów genomu. Mogą dodać do adnotacji, aby zwrócić uwagę na funkcję genu.