O que é um navegador de genoma?

Um navegador de genoma é uma interface da web usada para visualizar o mapa físico de um cromossomo. Este mapa mostra quanto DNA separa dois genes, conforme medido em pares de bases. Os cromossomos humanos variam de 50 milhões a mais de 250 milhões de pares de bases. Um navegador do genoma mostra representações esquemáticas de cromossomos inteiros, bem como "zoom em zoom" de genes únicos e até na sequência real de pares de bases. Muitos navegadores do genoma permitem que o usuário amplie o zoom no nível da visualização da sequência de DNA real, embora a utilidade real de um navegador esteja na capacidade de ver genes em seu contexto maior, em vez de ver a sequência de DNA no nível do nucleotídeo. O tamanho médio de um gene é de 3.000 pares de bases; portanto, quando ampliado no nível do par de bases, o usuário verá menos de um gene inteiro. O maior gene humano, a distrofina, tem 2,4 milhões de pares de bases de comprimento.

Além de visualizar o esquemaRepresentações de genes, os navegadores do genoma também podem mostrar outras informações úteis. Isso pode incluir a porção do gene que é traduzido em proteína, chamado mRNA, e sequências de DNA que possuem funções que não sejam codificantes para proteínas. O navegador do genoma também pode mostrar quais segmentos de DNA foram usados ​​no processo de sequenciação do genoma.

Um grande número de organismos sequenciou genomas. Não existe um navegador único que seja padrão para o campo da genômica; portanto, os navegadores do genoma podem variar entre genomas sequenciados. Os navegadores do genoma têm a função de poder procurar genes ou sequências de interesse, permitindo que o usuário salte de um local genômico para outro. Não seria eficiente percorrer um cromossomo para chegar a um local de interesse, devido ao tamanho muito grande da maioria dos cromossomos.

Alguns navegadores de genoma têm ferramentas chamadas classificadoras de genes. Esta ferramenta diespalhou uma tabela de genes relacionados entre si. O relacionamento pode ser um dos vários tipos: homologia de sequência, perfil de expressão semelhante ou proximidade genômica. O usuário procura um gene usando uma palavra ou frase, seleciona o tipo de relacionamento que ele gostaria e o classificador de genes exibe os resultados da pesquisa.