O que é um Navegador Genoma?

Um navegador de genoma é uma interface da web usada para visualizar o mapa físico de um cromossomo. Este mapa mostra quanto DNA separa dois genes, conforme medido em pares de bases. Os cromossomos humanos variam em tamanho de 50 milhões a mais de 250 milhões de pares de bases. Um navegador de genoma mostra representações esquemáticas de cromossomos inteiros, bem como esquemas "ampliados" de genes únicos e até a sequência real de pares de bases.

Um navegador de genoma permite que o usuário role através de um cromossomo e faça zoom em determinados locais. Muitos navegadores de genoma permitem que o usuário aumente o zoom no nível de visualização da sequência de DNA real, embora a utilidade real de um navegador seja a capacidade de visualizar genes em seu contexto maior, em vez de visualizar a sequência de DNA no nível de nucleotídeos. O tamanho médio de um gene é de 3.000 pares de bases; portanto, quando ampliado no nível do par de bases, o usuário verá menos que um gene inteiro. O maior gene humano, a distrofina, tem 2,4 milhões de pares de bases.

Além de visualizar representações esquemáticas dos genes, os navegadores do genoma também podem mostrar outras informações úteis. Isso pode incluir a parte do gene que é traduzida em proteína, chamada mRNA, e sequências de DNA que têm outras funções além da codificação da proteína. O navegador do genoma também pode mostrar quais segmentos de DNA foram usados ​​no processo de sequenciamento do genoma.

Um grande número de organismos sequenciou genomas. Não existe um navegador único padrão no campo da genômica, portanto os navegadores de genoma podem variar entre os genomas seqüenciados. Os navegadores do genoma têm a função de pesquisar genes ou sequências de interesse, permitindo que o usuário pule de um local genômico para outro. Não seria eficiente rolar através de um cromossomo para chegar a um local de interesse, devido ao tamanho muito grande da maioria dos cromossomos.

Alguns navegadores de genoma possuem ferramentas chamadas classificadores de genes. Essa ferramenta exibe uma tabela de genes relacionados entre si. O relacionamento pode ser de vários tipos: homologia de sequência, perfil de expressão semelhante ou proximidade genômica. O usuário procura por um gene usando uma palavra ou frase, seleciona o tipo de relacionamento que gostaria ou o classificador de genes exibe os resultados da pesquisa.