Что такое браузер Genome?

Браузер генома - это веб-интерфейс, используемый для просмотра физической карты хромосомы. Эта карта показывает, сколько ДНК разделяет два гена, как измерено в парах оснований. Хромосомы человека имеют размер от 50 миллионов до более 250 миллионов пар оснований. Браузер генома показывает схематическое представление целых хромосом, а также увеличенные схемы отдельных генов и даже фактическую последовательность пар оснований.

Браузер генома позволяет пользователю прокручивать хромосому и увеличивать определенные места. Многие браузеры генома позволяют пользователю увеличивать масштаб на уровне просмотра фактической последовательности ДНК, хотя реальная полезность браузера заключается в способности просматривать гены в более широком контексте, а не просматривать последовательность ДНК на уровне нуклеотидов. Средний размер гена составляет 3000 пар оснований, поэтому при увеличении на уровне пар оснований пользователь увидит меньше, чем целый ген. Самый большой ген человека, дистрофин, имеет длину 2,4 миллиона пар оснований.

В дополнение к просмотру схематического представления генов браузеры генома могут также показывать другую полезную информацию. Это может включать часть гена, которая транслируется в белок, называемую мРНК, и последовательности ДНК, которые имеют функции, отличные от кодирования белка. Браузер генома также может показывать, какие сегменты ДНК были использованы в процессе секвенирования генома.

Большое количество организмов имеют секвенированные геномы. Не существует единого браузера, стандартного для области геномики, поэтому браузеры генома могут различаться в зависимости от последовательности генома. Браузеры генома имеют функцию поиска генов или последовательностей, представляющих интерес, позволяя пользователю переходить из одного местоположения генома в другое. Из-за очень большого размера большинства хромосом было бы неэффективно прокручивать хромосому, чтобы добраться до интересующего места.

В некоторых браузерах генома есть инструменты, называемые сортировщиками генов. Этот инструмент отображает таблицу генов, которые связаны друг с другом. Отношения могут быть одного из нескольких типов: гомология последовательности, сходный профиль экспрессии или близость генома. Пользователь ищет ген, используя слово или фразу, выбирает тип отношений, который ему или ей нужен, и сортировщик генов отображает результаты поиска.