Что такое аннотация генома?

Геномная аннотация помечает разделы генома информацией о генетических данных, которые он содержит. Это часть процесса в проектах генома, где цель состоит не только в том, чтобы упорядочить ДНК целевого организма, но и понять, что он делает и как он функционирует. Исследователи могут проводить аннотации в своих лабораториях и могут обмениваться данными с другими учеными для объединения ресурсов и информации. Доступны общедоступные онлайн-базы данных, а некоторые также позволяют представителям общественности представлять свои собственные аннотации.

Первым шагом в аннотации генома является секвенирование, где исследователи определяют порядок аминокислот в ДНК организма. Секвенирование целого генома занимает много времени, и ученые обычно начинают комментировать до того, как геном будет декодирован. С секцией секвенированной ДНК в руке исследователь может начать комментировать. Ученые могут отмечать, где появляются и начинаются и останавливаются гены, обращая внимание на характерные нити ДНК, которые содержат информацию о функции генома.

Компьютеры могут выполнять некоторые аномалии генома самостоятельно. Они могут искать известные паттерны, такие как цепочки аминокислот, которые появляются в начале и конце генов. В автоматизированной аннотации компьютер может добавлять заметки к различным разделам цепочки ДНК для предоставления информации о ней. Также возможно сравнивать сегменты от разных организмов, чтобы искать отклонения, которые могли бы предоставить важную информацию о виде в целом.

Ручная аннотация генома включает физический анализ ДНК. Многие исследователи используют компьютеры для отображения информации и маркировки ее, что позволяет им вводить ее в базы данных во время работы. В некоторых случаях может потребоваться проверка вручную после автоматической аннотации, чтобы убедиться, что компьютер получил правильную информацию. Это может быть кропотливым процессом, и ошибки случаются, что является одной из причин, по которой исследователи любят объединять базы данных. Если аннотация не совпадает с другими в том же разделе ДНК, люди могут оценить информацию, чтобы определить, что произошло, и исправить ошибку.

Не всегда возможно определить, что делает ген во время процесса аннотирования генома. Ученые могут пометить гены и отделить их от других компонентов генома, таких как некодирующие ДНК, такие как повторы. Эта информация может быть использована в исследованиях, когда люди разрабатывают теории о различных сегментах генома. Они могут добавить к аннотациям, чтобы отметить функцию гена.