Vad är en konsensussekvens i biologi?
En konsensussekvens är en uppsättning proteiner eller nukleotider i deoxyribonukleinsyra (DNA), som visas regelbundet. Aminosyrorna adenin, guanin, cytosin och tymin utgör genetiska sekvenser i DNA. Molekylärbiologer använder ofta statistik för att förutsäga var en viss sekvens av dem kommer att vara, eller för att förstå var vissa molekyler tenderar att binda. Där aminosyrasekvenserna förblir desamma och där de tenderar att variera kan representeras av en formel. När det gäller en konsensuspromotorsekvens kan en viss typ av enzym binda till platser med liknande sekvenserade proteiner.
genetiker, som forskare inom många vetenskapliga discipliner, använder ofta substitutioner för att förenkla komplexa system. Det finns så många aminosyrasbaser och gener i kroppen att forskare inte kan räkna dem om det inte finns något allmänt system för att göra det. En konsensussekvens kan visas på många platser också i DNA i olika levande saker. Likheter och skillnader som tenderar att inträffan indikeras av en formel.
Statistiskt kan forskare klassificera genetiska sekvenser för att leta efter mönster. Upprepande mönster, kallade sekvensmotiv, används vanligtvis för att representera genetiska områden som kontrollerar specifika biologiska processer. Konsensussekvenser kan också ge insikt i hur proteiner syntetiseras eller hur molekyler styrs i en cell.
I notationen av en konsensussekvens kan platsen för vissa nukleotider visa att de alltid befinner sig på den representerade platsen. Det kan också indikeras att en eller annan nukleotid kan vara där. I det här fallet anges i allmänhet hur ofta en aminosyra visas i stället för en annan. En grafisk modell används ibland för att indikera denna frekvens genom att öka eller minska symbolens storlek. Vissa program kan generera sekvenslogotyper automatiskt.
Ofta matchar en konsensussekvens med en RECOgnized proteinbindningsplats. För att exakt skildra sekvenser på genomet används ofta matematiska formler. Dessa inkluderar statistiska formler såsom logaritmer och numeriska värden, som kan vara positiva eller negativa, för att representera platsen för genetisk information. Processer i genomet för normala biologiska funktioner, liksom de som är relaterade till sjukdomar, kan analyseras på detta sätt.
De matematiska representationerna av en konsensussekvens ger i allmänhet en modell av DNA- och aminosyramönster. En exakt bild tillhandahålls vanligtvis inte. Sekvenserna kan emellertid hjälpa forskare att relatera de funktionella aspekterna av olika delar av genomet till evolutionära mönster av organismer.