Vad är en molekylär viktmarkör?
En markör för molekylvikt är en molekyl som används för att ge en uppskattning av storleken på molekyler utsatta för gelelektrofores. Detta är en teknik där DNA, RNA eller proteiner separeras efter storlek med hjälp av en elektrisk ström på en gel. Denna term ska inte förväxlas med molekylära markörer inom genetik - områden där en organisms DNA skiljer sig från resten av befolkningen och kan identifieras med en DNA-sond.
Proteinmolekylviktsmarkörer används vanligtvis när proteiner separeras genom gelelektrofores. Molekylviktsmarkören är en grupp proteiner med känd molekylvikt, som vanligtvis tillhandahålls av bioteknologiföretag i ett visst storleksintervall. Man väljer storleksintervallet baserat på prover som studeras. Molekylviktsmarkörerna laddas samman och separeras ut under körningen. Genom att mäta avståndet av markörerna och proteinet av intresse kan man bestämma storleken på det experimentella proteinet.
Olika typer av markörer kan visualiseras på olika sätt. Några av de molekylära markörerna är omärkta och färgas i gelén med resten av proteinerna. De är inte synliga förrän hela gelén är färgad. Andra typer av proteinmolekylära markörer är förfärgade med färger, och varje typ av protein har en annan färg. Separationen är synlig när gelén körs.
En fördel med en förfärgad molekylviktmarkör är för Western blots. Detta är en teknik där proteinerna överförs till ett membran och sedan färgas med antikroppar för att detektera ett specifikt protein. Att ha färgade markörer hjälper till att bestämma om överföringen av proteinerna är fullständig innan man fortsätter med resten av proceduren.
Molekylviktsmarkörer används ofta för analys av DNA på geler. Ofta tillverkas DNA-molekylmarkörer av bakterievirus lambda . Restriktionsenzymer tillverkas av bakterier för att smälta DNA från invaderande organismer, och restriktionsenzymet HindIII används ofta för att bryta ned lambda-DNA. Den producerar en serie olika, reproducerbara fragment, känd som en DNA-stege . Genom att jämföra avståndet som körs av standarderna i en logaritmisk skala, kan man bestämma storleken på DNA-fragmenten som analyseras.
Denna DNA-molekylviktmarkör kan användas för att analysera storleken på DNA som produceras under isoleringen av gener och i gentekniska experiment. Det kan också användas under polymeraskedjereaktionen (PCR), i vilken små mängder DNA eller RNA amplifieras för att producera stora mängder produkt. PCR-tekniker är vanligtvis förknippade med faderskapstestning och kriminalteknik, men de är också mycket vanliga inom medicinsk och grundläggande biologisk forskning. Speciella molekylviktsmarkörer är tillgängliga för mindre produkter genererade från vissa typer av PCR eller små RNA-molekyler.