Vad är en Northern Blot?

Northern blot-hybridisering är en teknik som används för att detektera messenger-RNA (mRNA) -nivåer i ett prov och för att kvantifiera mängden mRNA som är närvarande. Även om andra kraftfullare tekniker finns, förblir Northern blot standarden på grund av dess enkelhet och användarvänlighet. Den nordliga blottingtekniken möjliggör också direkt jämförelse av flera prover i ett enda experiment.

Messenger RNA är en typ av nukleinsyra som produceras när en gen uttrycks. En gen som är påslagen och funktionell i en cell transkriberas till mRNA. MRNA transporteras sedan in i cytoplasma i cellen, där det översätts till ett protein. Northern blot-analys av ett cellulärt mRNA-prov kan därför ge användbar information om matrisen av proteiner som cellen producerar.

I en Northern blot extraheras mRNA från celler och körs genom en denaturerande agarosgelelektrofores, vilket gör att mRNA i provet kan separeras i enlighet med storleken. Prover av mRNA-molekyler med kända storlekar körs samtidigt för att tillhandahålla en kontroll. När elektroforesen är klar överförs och immobiliseras proverna på ett fast membran, vanligtvis tillverkat av ett material såsom nylon. Proven exponeras sedan för radiomärkta sönder i flera timmar före analys. Under analysen kan mRNA som har hybridiserats till en radiomärkt sond tydligt detekteras med röntgen.

Den nordliga blottingtekniken möjliggör observation av genuttrycksmönster mellan olika vävnadstyper. Messenger-RNA extraherat från celler från olika vävnader och organtyper kan jämföras och cellulära svar på stress, infektion och många andra stimuli kan undersökas. Genom att titta på skillnader i mRNA-uttryck under olika förhållanden kan en forskare bestämma vilka typer av proteiner en cell producerar som svar på vissa stimuli. Detta kan ge ledtrådar om funktioner hos okända proteiner, eller i fallet med kända proteiner, information om cellulära svar på stimuli i fråga.

Exempelvis kan en Northern blot visa att uttrycket av ett okänt protein ökar som svar på närvaron av ett specifikt toxin. Det kan då teoretiseras att proteinet är involverat i att minska toxiciteten, kanske genom att transportera kemikalien ut ur cellen eller omvandla den till en metabolit. Om kända proteiner undersöks kan dokumentation av förändringar i proteinuttryck ge information om svaret självt. Om uttrycket av en känd molekyltransportör ökades, till exempel, kan det bekräftas att det cellulära svaret på toxinet är att transportera toxinet ut ur cellen.