Vad är ett retrotransposon?
Transposoner är bitar av DNA som är mobila eller kan flytta till olika platser inom en cells genetiska information. Genom att flytta till en ny plats inom cellens genom kan transposoner orsaka mutationer och ändra mängden DNA som finns i cellen. De kallas också hoppgener och grupperas i två kategorier som är klass II-transposoner och klass I-transposoner, eller retrotransposoner. Skillnaden mellan dessa två klasser har att göra med hur de rör sig; ett retrotransposon har en tvåstegs rörelseprocess.
Metoden för rörelse av segmentet av DNA är hur transposonerna klassificeras i varje kategori. Ett klass II-transposon är en bit DNA som rör sig från en plats till en annan. Rörelsen av ett klass I-transposon, eller retrotransposon, är mycket mer komplex och involverar två steg för rörelsen av DNA-segmentet.
Det första steget för rörelsen av ett retrotransposon är att skapa ett segment av RNA genom transkriptionen av en bit DNA. RNA är nu fritt att röra sig genom genomet eftersom det inte är bundet till en DNA-sträng. När RNA når den nya platsen, gör ett specifikt enzym, kallat omvänt transkriptas, en ny DNA-sträng baserad på RNA-segmentet. Denna nya bit DNA kopplas sedan till den nya platsen i genomet.
När ett retrotransposon transkriberas tillbaka till ett DNA-segment från RNA-kopian har det vanligtvis långa terminalupprepningar (LTR) i slutet av DNA-sekvensen. LTR: er består av upprepande sekvenser av baser som kan vara hundratals eller till och med tusentals baser långa. De omger vanligtvis en funktionell del av DNA, såsom en gen, och är nödvändiga för att fästa DNA-segmentet till den ursprungliga DNA-strängen. LTR är ett sätt som forskare kan inse att ett avsnitt av DNA innehåller ett retrotransposon. Det antas att cirka 42% av hela det mänskliga genomet består av retrotransposoner.
På grund av det faktum att nya kopior av DNA görs genom omvänd transkription av RNA är tillsats av ett retrotransposon ett sätt att öka mängden DNA som finns i en enda cell. Om ett retrotransposon sätts in i en gen eller nära en gen, kan det orsaka en mutation. Mutationer är i princip förändringar av DNA-sekvensen och kan ha positiv, negativ eller ingen påverkan på genomet, beroende på hur DNA-sekvensen förändras.