Vad är ett transkriptom?
Transkriptomet är en komplett samling av RNA från en organisme, en grupp celler eller till och med en specifik cell. RNA syntetiseras från DNA genom en process som kallas transkription. RNA som finns i en cell och kroppen bestämmer vilka gener som kommer att uttryckas, och det förändras under en organisms liv, till skillnad från DNA, som förblir statisk. Miljötrycket är ett av de främsta orsakerna till förändringar, eftersom kroppen försöker anpassa sig till förändrade miljösituationer för att hålla sig själv fungera.
Transkriptomet är mycket mindre än en organism genom, den kompletta samlingen av DNA i organismen. Enkelt uttryckt skulle man kunna tänka på DNA som en kokbok och listar en komplett samling recept som kan göras. Transkriptomet är koden som avgör vilka recept som ska göras och när. Kokboken förblir statisk under hela livet, medan transkriptomet förändras som svar på miljöfaktorer.
En viktig del av transkriptomet är mRNA-molekyler. Messenger RNA är RNA som kommunicerar med ribosomerna i cellerna för att rikta cellerna till att göra olika proteiner. Dessa proteiner används för en mängd olika funktioner. Andra delar kanske inte direkt kodar för proteinproduktion, men gör saker som att bestämma cellstruktur och reglera genuttryck. Tillsammans håller de olika komponenterna i transkriptomet en organisme som fungerar och bestämmer genuttryck i den organismen.
Inom olika celler i kroppen kan transkriptomet vara mycket olika. Leverceller, till exempel, har RNA som gör dem leverceller, och ser till att cellerna utför nödvändiga funktioner. Hudceller har å andra sidan ett annat transkriptom som aktiverar de gener som är nödvändiga för att göra en cell till en hudcell. Både lever- och hudceller har en fullständig kopia av genomet, men deras transkriptomer avgör vilka delar av genomet som aktiveras.
Precis som med DNA är det möjligt att sekvensera RNA. Transkriptomsekvensering kan göras för att lära sig mer om handlingarna i en cell och värdorganismens DNA och för att identifiera platserna där uttrycket av genetisk information går fel. När en levercell blir malign, till exempel, beror det på att transkriptomet inte fungerar som det borde vara, och gener för malignitet har aktiverats, eller cellerna saknar reglering på något sätt, vilket får dem att växa ut ur kontroll. Sekvensering av RNA i en malig cell kan hjälpa en forskare att ta reda på vilken gen som aktiverades eller inaktiverades för att orsaka maligniteten.