Vad är en zinkfinger?
En zinkfinger är en fingerformad proteinveck som bildas av specifika aminosyror i proteinbindningen till en zinkjon. Dessa proteiner binder ofta till DNA och RNA eftersom deras form tillåter nära interaktion mellan domänen och nukleotiderna av DNA och RNA. Deras nukleotidbindande egenskaper gör det möjligt för dem att fungera i reglering av genuttryck och i virusmontering.
Det finns flera typer av zinkfingerstrukturer, men den vanligaste versionen består av en alfa -spiral och ett beta -ark, de två vanligaste sekundära strukturerna i proteiner, på vardera sidan av minst en zinkjon. Alpha -spiralen och beta -arket hålls i läge av cystin- och histidinrester, och koordinerar zinkjonen via deras kväve- och svavelatomer. Zinkfingret binder till DNA och genom interaktionen av aminosyror vid dess periferi med baspar i mitten av DNA -dubbelhelixen. Det är en kompakt proteindomän, och dess lilla storlek gör att den kan ha närhet till DNA -bas Pförnäm min.
Dessa proteiner är de vanligaste transkriptionsfaktorerna i levande organismer. En transkriptionsfaktor är ett protein som binder till DNA och kontrollerar överföring av genetisk information till RNA. Det faktum att dessa proteiner för att rikta DNA har gjort dem kandidater för målmedveten ombyggnad för att rikta in DNA-sekvenser av intresse.
till exempel är ett zinkfingernukleas (ZFN) ett syntetiskt protein som har ett konstruerat zinkfingerbindande domän smält till ett restriktionsendonukleas eller DNA-klyvningsenzym. ZFN kan användas för att skära DNA på specifika platser och är ett användbart verktyg för att främja platsspecifik rekombination av DNA. Konstruerade zinkfingrar kan också användas som konstgjorda transkriptionsfaktorer.
zinkfingerdomäner finns i vissa virala proteiner, inklusive neocapsid (NC) -proteinet från det humana immunbrist-1 (HIV-1) -viruset. NC är en attraktiv antiviral TArget eftersom det är viktigt för viral montering och är mycket bevarad. Hämmare som specifikt riktar sig till zinkfingrarna på virala och retrovirala proteiner kan användas för att förhindra virusreplikation. Att få antivirala föreningar av denna natur är ett aktivt område med biomedicinsk forskning.
Dessa proteiner spelar viktiga roller i den normala metabolismen hos celler. För att vara effektiva måste antiretrovirala föreningar specifikt rikta in sig på retrovirala zinkfingerproteiner. Dessa retrovirala proteiner har distinkta aminosyrasekvenser och strukturella skillnader från cellulära zinkfingerproteiner, så att erhålla selektiva hämmare är ett möjligt mål.