Vad är genomförsamlingen?
Genommontering hänvisar till processen att ta många små delar av den genetiska sekvensen och sammanfoga dem till en sammanhängande helhet som representerar en organisms hela genom. Detta är ett stort fokus inom bioinformatikområdet och det finns ett antal genomprojekt för detta ändamål. Genommontering har använts för att börja analysera genomerna hos många arter, inklusive människor, växter, djur och bakterier.
Att analysera en organisms gener är en lång process, och genommontering är ett av de första stegen. Många andra analysmetoder bygger på framgångsrik montering, och identifiering av gener kan inte fortskrida utan den. Redan innan gener hittas kan en framgångsrik genomenhet fortfarande generera mycket användbar information för senare analys, inklusive genomets storlek, dess struktur och dess allmänna sammansättning.
Processen med genommontering är som att sätta ihop ett pussel utan att ha en bild eller användbara former som vägledning. När man konfronteras med de första genomstyckena, kallade råläsningar, finns det sällan några indikationer på var en viss bit går, eller till och med hur den är orienterad. Varje bit kodas på liknande sätt med de fyra DNA-baserna, förkortade A, C, G och T. Genomet kan komprimeras till en stor kromosom eller delas upp i många. Det finns ingen garanti för att en del av de råa avläsningarna inte är duplikat av samma genomområde, vilket skulle innebära att mindre unik information finns än den ser ut vid första anblicken.
Allmän kunskap om genomstruktur är ovärderlig när man påbörjar monteringsprocessen. Även om genom mellan arter är markant olika, finns det vissa regler som specifika genomtyper följer, och dessa kan tillämpas när man sätter ihop ett annat genom av samma typ. Till exempel, om en viss typ av organismer alltid har ett speciellt mönster i närheten där gener finns, kan man med rimlighet anta, när man samlar en annan organism som liknar den, att hitta ett sådant mönster skulle signalera en gen i närheten. I större skala har många bakteriegenom en cirkulär kromosom, så det vore rimligt att förutse att alla råvaror av en ny bakterie på något sätt skulle passa ihop på en kromosom. Att tillämpa allmän genetisk kunskap på detta sätt kan göra det möjligt för en forskare att börja känna till hundratusentals data.
Det finns många andra metoder som kan användas vid genommontering, inklusive beräkningsförutsägelser och manuella jämförelser. Oavsett metod är genommontering ett stort jobb som ofta är tidskrävande och svårt. Eftersom det är grunden för många framtida genetiska analyser av en organism, finns det lite utrymme för fel.