การคำนวณต้นทุนของแฟรนไชส์นั้นซับซ้อนมาก ดังนั้นจึงเป็นไปไม่ได้เลยที่จะให้ค่าเฉลี่ยของแฟรนไชส์ทั่วไป ต้นทุนแฟรนไชส์เป็นสิ่งที่ต้องประเมินเมื่อทราบปัจจัยบางอย่าง เหล่านี้รวมถึงแฟรนไชส์ขนาดธุรกิจที่เสนอและที่ตั้ง
มีปัจจัยมากมายที่จะส่งผลต่อต้นทุนแฟรนไชส์ ในการเริ่มต้นคำนวณบุคคลต้องตัดสินใจว่าอุตสาหกรรมใดที่เธอสนใจมีหลากหลายให้เลือก ได้แก่ ร้านอาหารร้านค้าปลีกและร้านอินเทอร์เน็ตคาเฟ่ ในหลายกรณีหากบุคคลสามารถเลือกอุตสาหกรรมได้เธออาจสามารถได้รับค่าใช้จ่ายที่เกี่ยวข้อง
การคำนวณที่แม่นยำยิ่งขึ้นนั้นจะทำให้เธอต้องเลือกแฟรนไชส์เฉพาะ เมื่อเธอทำสิ่งนี้แล้วเธอจะมีข้อมูลสำคัญหลายอย่างที่จะช่วยให้เธอกำหนดต้นทุนแฟรนไชส์ โดยทั่วไปแล้วแฟรนไชส์แต่ละแห่งจะมีค่าธรรมเนียมแฟรนไชส์ซึ่งเป็นจำนวนที่มักจะต้องมีล่วงหน้า จำนวนนี้สามารถแตกต่างกันและมักจะเพิ่มขึ้นกับแฟรนไชส์ที่รู้จักกันดีหรือประสบความสำเร็จอย่างสูง
การเลือกแฟรนไชส์โดยทั่วไปจะช่วยให้บุคคลสามารถทราบอัตราค่าลิขสิทธิ์ที่เธอจะต้องจ่าย ค่ารอยัลตี้โดยทั่วไปแล้วจะเป็นเปอร์เซ็นต์ของยอดขายหรือกำไรที่จ่ายให้แฟรนไชส์ หากจำนวนเป็นตัวเลขที่ระบุจะง่ายต่อการคำนวณ มิฉะนั้นจะต้องใช้อัตราร้อยละและเพื่อให้ได้การประมาณการโดยใช้กับการประมาณการยอดขาย
การซื้อและการดำเนินงานแฟรนไชส์มักเป็นธุรกรรมที่ซับซ้อน ในหลายกรณีจำเป็นต้องใช้ความช่วยเหลือจากบริการระดับมืออาชีพเช่นทนายความและนักบัญชี การชำระค่าธรรมเนียมเหล่านี้อาจจำเป็นในการเริ่มต้นเท่านั้นหรืออาจจำเป็นต้องคำนวณเหล่านี้เป็นค่าใช้จ่ายต่อเนื่องหรือเป็นระยะ
อีกค่าใช้จ่ายเป็นระยะคือการออกใบอนุญาต อย่างน้อยที่สุดใบอนุญาตประกอบธุรกิจน่าจะเป็นที่ต้องการสำหรับการดำเนินการทางกฎหมาย นอกจากนี้อาจจำเป็นต้องมีการออกใบอนุญาตและใบอนุญาตพิเศษสำหรับอุตสาหกรรมพิเศษหรือเพื่อรับสิทธิพิเศษเช่นการให้บริการแอลกอฮอล์ ในกรณีส่วนใหญ่รายการในหมวดหมู่เหล่านี้จะต้องมีการซื้อคืนหรือต่ออายุ
จากนั้นจึงจำเป็นต้องคำนวณค่าใช้จ่ายในการจัดตั้งและดำเนินธุรกิจ ทั้งที่ตั้งและขนาดของสถานประกอบการจะมีผลต่อต้นทุนแฟรนไชส์ การซื้อหรือการเช่าพื้นที่เชิงพาณิชย์ในเขตเมืองใหญ่น่าจะมีราคาแพงกว่าพื้นที่ในเขตชนบทในปริมาณที่เท่ากัน นอกจากนี้ยิ่งสถานประกอบการมีขนาดใหญ่ขึ้นค่าแรงของพนักงานก็จะยิ่งเพิ่มขึ้นตามไปด้วยในรายการค่าใช้จ่ายแฟรนไชส์
เมื่อคำนวณแล้วจะต้องเพิ่มต้นทุนของสินค้าคงคลังใด ๆ ที่จะต้องใช้ จะต้องเพิ่มอุปกรณ์และเครื่องเรือนในรายการค่าใช้จ่าย เมื่อทำสิ่งนี้ควรพิจารณาการซ่อมแซมและการเปลี่ยนทดแทน จากนั้นมีค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานเช่นไฟฟ้าน้ำและประกันภัย
