มีฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำหลายประเภทที่เลี้ยงปลากุ้งและหอยชนิดต่าง ๆ นอกจากนี้ยังมีฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่เลี้ยงพืชน้ำเช่นสาหร่าย ในหลายกรณีพืชและสัตว์เหล่านี้มีจุดประสงค์เพื่อการบริโภคของมนุษย์ แต่มีข้อยกเว้นเล็กน้อย ตัวอย่างเช่นฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำบางแห่งเลี้ยงปลาที่มีไว้สำหรับใช้ในพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ปลาชนิดนี้มักเรียกกันว่าปลาสวยงาม
ฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่พบมากที่สุดคือฟาร์มปลาฟาร์มหอยนางรมและฟาร์มกุ้ง ฟาร์มประเภทนี้อาจใช้วิธีการหลายวิธีในการเพิ่มสต็อก ในบางกรณีการปฏิบัติการส่วนใหญ่เกิดขึ้นในถังและสิ่งอำนวยความสะดวกที่อยู่บนบก คนอื่นใช้ประโยชน์จากสิ่งอำนวยความสะดวกที่อยู่ตามแนวชายฝั่ง ในกรณีเหล่านี้หุ้นจะโตในสภาพแวดล้อมทางทะเลตามธรรมชาติที่ล้อมรอบหรือถูกควบคุมโดยการประมง
ฟาร์มที่ใช้สภาพแวดล้อมทางทะเลตามธรรมชาติเพื่อยกระดับหุ้นของพวกเขาแทนที่จะต้องพึ่งพาการดำเนินงานบนพื้นฐานที่ดินทั้งหมดกำลังฝึกสิ่งที่เรียกว่าการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การฝึกปฏิบัติอยู่ภายใต้การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ผลิตภัณฑ์ที่เก็บเกี่ยวในฟาร์มประเภทนี้มักมีการผลิตเพื่อจุดประสงค์เดียวกันและขายให้กับตลาดเดียวกันกับผลผลิตของฟาร์มบนบก
เมื่อฟาร์มปลูกพืชน้ำพวกเขามีส่วนร่วมในกระบวนการที่เรียกว่าการเลี้ยงสัตว์เช่นเดียวกับการเลี้ยงสัตว์ทะเลที่ตกอยู่ภายใต้ร่มของการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ มีการใช้งานที่หลากหลายสำหรับผลิตภัณฑ์ที่ปลูกในฟาร์ม algaculture สาหร่ายที่ปลูกในฟาร์มประเภทนี้มีประโยชน์ทั้งในเชิงพาณิชย์และอุตสาหกรรม มันสามารถใช้สำหรับผลิตภัณฑ์ที่หลากหลายตั้งแต่อาหารไปจนถึงพลาสติกชีวภาพ
ฟาร์ม Aquaponic เป็นฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่ผสมผสานการเพาะปลูกพืชและปลาหรือหอย ฟาร์มประเภทนี้ใช้ระบบวงจรที่พืชและสัตว์น้ำพึ่งพาความสัมพันธ์ทางชีวภาพ ตัวอย่างเช่นของเสียที่ผลิตโดยปลาบางชนิดอาจถูกกรองออกจากน้ำโดยพืชบางชนิด นอกเหนือจากการกรองน้ำและล้างพิษให้กับปลาแล้วพืชยังต้องพึ่งพาของเสียจากสารอาหารด้วย ฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำประเภทนี้มักจะมีประสิทธิภาพมากในการใช้น้ำ
