ผลกระทบของโครงสร้างองค์กรสามารถขยายไปสู่ประสิทธิภาพที่วัดได้เกือบทุกประเภท โครงสร้างที่วางแผนไว้ได้อย่างง่ายดายและปรับได้ง่ายสามารถช่วยให้ธุรกิจเติบโตได้ในหลาย ๆ ด้านสร้างปฏิกิริยาลูกโซ่ของการสนับสนุนและการปรับปรุงซึ่งกันและกัน ผลกระทบที่สำคัญที่สุดของโครงสร้างองค์กรสามารถดูได้ในขวัญกำลังใจของพนักงานการสื่อสารภายในประสิทธิภาพและประสิทธิผล
ขวัญกำลังใจของพนักงานมักอาศัยโครงสร้างองค์กรที่แข็งแกร่ง พนักงานมักจะรู้สึกมีแรงจูงใจและความภักดีเมื่อได้รับการปฏิบัติด้วยความเคารพถูกท้าทายจากการทำงานของพวกเขาและมีโอกาสเข้าถึงโอกาสก้าวหน้า ผลกระทบของโครงสร้างองค์กรที่มีต่อขวัญและกำลังใจของพนักงานอาจเป็นลบ ยกตัวอย่างเช่นหากองค์กรให้รางวัลหัวหน้าแผนกเป็นประจำด้วยการเพิ่มและโบนัสในขณะที่การตรึงเงินเดือนพนักงานระดับจูเนียร์พนักงานระดับล่างสามารถกลายเป็นไม่แยแสกับงานได้อย่างรวดเร็ว เนื่องจากส่วนหนึ่งของโครงสร้างองค์กรเป็นตัวกำหนดว่าโปรแกรมแรงจูงใจวินัยและความก้าวหน้าได้รับการจัดการอย่างไรการจัดระเบียบธุรกิจจึงเป็นส่วนสำคัญอย่างแท้จริงในขวัญกำลังใจ
การที่พนักงานและแผนกสามารถสื่อสารกันได้ดีเป็นผลกระทบที่สำคัญที่สุดของโครงสร้างองค์กร ในสภาพแวดล้อมที่มีโครงสร้างที่แยกออกจากกันอย่างเข้มงวดพนักงานอาจไม่สามารถเข้าถึงข้อมูลหรือบุคลากรที่จำเป็นในการปฏิบัติงาน ในทางกลับกันองค์กรที่หละหลวมมากเกินไปสามารถนำไปสู่ห่วงโซ่การบังคับบัญชาที่คลุมเครือซึ่งหมายความว่าพนักงานอาจไม่สามารถคิดได้ว่าพวกเขาควรจะพูดกับโครงการหรือข้อกังวลใด การปรับสมดุลความต้องการความยืดหยุ่นระหว่างแผนกต่างๆด้วยความสำคัญของสายการบังคับบัญชาที่ชัดเจนเป็นส่วนสำคัญของโครงสร้างองค์กร
ประสิทธิภาพในองค์กรหมายถึงปริมาณงานที่จำเป็นในการบรรลุเป้าหมายการปฏิบัติงาน หากองค์กรมีโครงสร้างในลักษณะที่มีประสิทธิภาพงานจะมีประสิทธิผลและมีประโยชน์โดยมีของเสียน้อย ผลกระทบของโครงสร้างองค์กรที่มีต่อประสิทธิภาพเป็นอย่างมากเนื่องจากระบบที่มีการจัดการไม่ดีสามารถชะลอการทำงานในเกือบทุกพื้นที่ของ บริษัท ตัวอย่างหนึ่งของโครงสร้างองค์กรที่นำไปสู่การไร้ประสิทธิภาพอาจเป็นพนักงานที่ต้องผ่านหัวหน้าเจ็ดระดับและหัวหน้างานเพื่อรับการอนุมัติงานงานของเขาหรือเธออาจหยุดนิ่งเป็นเวลาหลายชั่วโมงถ้าไม่ใช่วันรอการอนุมัติ กระบวนการปรับโครงสร้างให้มีประสิทธิภาพมักเกี่ยวข้องกับการทำให้เรียบง่ายหรือลดความซับซ้อนของกลุ่มคำสั่ง
เป้าหมายขององค์กรส่วนใหญ่คือประสิทธิผลในทุกด้านรวมถึงความสัมพันธ์กับพนักงานประสิทธิภาพการขายและการตลาด โครงสร้างองค์กรมักถูกเรียกว่า "โครงกระดูก" ของธุรกิจซึ่งสามารถช่วยหรือขัดขวางความสำเร็จของประสิทธิผล หนึ่งในวิธีที่โครงสร้างสามารถมีอิทธิพลต่อประสิทธิผลคือการสร้างในกระบวนการตรวจสอบที่ตรวจสอบความคาดหวังกับประสิทธิภาพที่แท้จริง ด้วยการสร้างโครงสร้างองค์กรที่สามารถตรวจสอบและปรับเปลี่ยนได้ บริษัท สามารถก้าวไปข้างหน้าอย่างมีประสิทธิภาพตามเป้าหมายที่ตั้งไว้
