การประชุมทางวิดีโอกำลังกลายเป็นตัวเลือกยอดนิยมในโลกธุรกิจและการศึกษาเนื่องจากความสะดวกสบายและลดค่าใช้จ่ายในการเดินทาง อย่างไรก็ตามมีข้อเสียบางประการสำหรับการประชุมทางวิดีโอเช่นกัน ครั้งแรกที่มีการใช้เทคโนโลยีทุกครั้งควรคาดหวังปัญหาทางเทคนิค สิ่งนี้มีตั้งแต่ปัญหาซอฟต์แวร์ปัญหาเกี่ยวกับฮาร์ดแวร์คอมพิวเตอร์เองหรือแม้กระทั่งสิ่งรบกวนรอบข้างซึ่งทำให้ยากต่อการได้ยินหรือเห็นเช่นเสียงรบกวนรอบข้างในสำนักงาน บางคนพลาดการเชื่อมต่อส่วนบุคคลที่เกิดขึ้นในบรรยากาศแบบดั้งเดิมเช่นจับมือและสบตาซึ่งขาดหายไปในการประชุมทางวิดีโอ
ค่าใช้จ่ายในการติดตั้งเทคโนโลยีนี้เป็นข้อเสียอีกอย่างหนึ่งของการประชุมทางวิดีโอที่ใช้กันทั่วไป ธุรกิจที่มีค่าใช้จ่ายในการเดินทางจำนวนมากสำหรับพนักงานมักจะพบว่ากระบวนการนี้มีความคุ้มค่า แต่ธุรกิจขนาดเล็กบางแห่งอาจพบว่าค่าใช้จ่ายในการประชุมทางวิดีโอเป็นสิ่งต้องห้าม ธุรกิจจะต้องวางแผนที่จะติดตั้งการประชุมทางวิดีโอ ตัวอย่างเช่นห้องประชุมเป็นตัวเลือกที่ดี แต่ห้องนั้นไม่สามารถใช้สำหรับการประชุมได้หากการประชุมทางวิดีโอกำลังดำเนินอยู่ แม้ว่าอาจจะไม่ใช่ข้อเสียของการประชุมทางวิดีโอ แต่ปัญหาด้านโลจิสติกส์เช่นนี้เป็นสิ่งที่ควรพิจารณา
ปัญหาทางเทคนิคคือข้อเสียของการประชุมทางวิดีโอที่พบบ่อยที่สุด ความผิดพลาดของซอฟต์แวร์เป็นเรื่องที่พบได้บ่อยซึ่งอาจจำเป็นต้องมีการโทรติดต่อเพื่อขอความช่วยเหลือด้านเทคโนโลยีซึ่งขัดจังหวะกำหนดการประชุมทั้งหมด กล้องหรือไมโครโฟนในคอมพิวเตอร์อาจล้มเหลวเช่นกัน นอกจากนี้สำนักงานบางแห่งอาจประสบปัญหาที่ไม่คาดคิดเช่นเสียงจากภายนอก มีหลายวิธีที่การประชุมทางวิดีโออาจถูกรบกวนซึ่งโดยทั่วไปจะไม่เป็นปัญหาระหว่างการประชุมด้วยตนเอง
ข้อเสียอีกอย่างหนึ่งของการประชุมทางวิดีโอหลักคือการขาดการติดต่อส่วนตัว เมื่อพยายามที่จะพัฒนาความสัมพันธ์ทางธุรกิจหรือแม้กระทั่งในขณะที่สัมภาษณ์คนสำหรับงานก็เป็นสิ่งสำคัญที่จะเห็นว่าคนที่จัดการกับตัวเองในสถานการณ์มืออาชีพ การจับมือกันอย่างแน่นหนาและการสบตาเป็นมิตรเป็นวิธีที่ดีที่สุดในการพิจารณาสิ่งนี้ แต่การประชุมทางวิดีโอจะป้องกันสิ่งนี้ เมื่อเทคโนโลยียังคงพัฒนาอย่างต่อเนื่องสิ่งนี้น่าจะเป็นปัญหาน้อยลง แต่ก็ยังไม่สามารถทดแทนการพบปะผู้คนด้วยตนเอง แน่นอนว่าข้อดีของการประชุมทางวิดีโอมักมีค่ามากกว่าข้อเสียเล็กน้อย แต่ในบางโอกาสไม่มีการทดแทนการประชุมแบบเก่าแบบบุคคลต่อบุคคล
