โครงสร้างองค์กรที่ไม่แสวงหากำไรทั่วไปแบ่งออกเป็นสามประเภทหลัก หมวดหมู่รวมถึงการกำกับดูแลการบริหารและโปรแกรม ภายในแผนกหลักทั้งสามนี้ยังมีหมวดหมู่ย่อยหรือแผนกย่อยมากมายที่อยู่ภายในแต่ละแผนก สถานะที่การลงทะเบียนองค์กรไม่แสวงหาผลกำไรก็มีผลต่อโครงสร้างโดยรวมขององค์กรเช่นกัน
การกำกับดูแลโครงสร้างองค์กรที่ไม่แสวงหาผลกำไรคือคณะกรรมการ บริษัท คณะกรรมการอาจเป็นบุคคลไม่กี่คนที่นั่งอยู่บนกระดานหรือสมาชิกหลายสิบคน ในขั้นต้นขนาดของกระดานขึ้นอยู่กับขนาดและความต้องการขององค์กรที่ไม่แสวงหาผลกำไร ขนาดของคณะกรรมการขึ้นอยู่กับรัฐที่องค์กรมีสำนักงานใหญ่ บทบาทหลักของคณะกรรมการคือการสร้างและบังคับใช้นโยบายขององค์กร
ประเภทหลักที่สองขององค์กรที่ไม่แสวงหาผลกำไรคือฝ่ายบริหาร ในขณะที่คณะกรรมการไม่ได้จ่ายพนักงาน แต่เพียงผู้มีส่วนได้เสียหรืออาสาสมัคร หมวดย่อยหลักสองประการของพนักงานหรือฝ่ายบริหารคือกรรมการบริหารหรือประธานและพนักงาน แน่นอนว่าพนักงานอาจถูกสร้างขึ้นจากพนักงานหลายคน
เนื่องจากสถานที่ตั้งขององค์กรที่ไม่แสวงหาผลกำไรคือการดำเนินการตามวัตถุประสงค์เฉพาะพื้นที่โปรแกรมของโครงสร้างองค์กรที่ไม่แสวงหากำไรทำงานเพื่อสร้างและนำโปรแกรมที่บรรลุวัตถุประสงค์ ตัวอย่างเช่นหากไม่แสวงหาผลกำไรเป็นพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ดังนั้นจุดประสงค์ของมันก็คือการบันทึกประวัติศาสตร์ของพื้นที่นั้น ๆ โปรแกรมอาจรวมถึงกิจกรรมทางสังคมเวิร์กช็อปและแม้แต่ทัวร์ทางประวัติศาสตร์ของพื้นที่
โปรแกรมหลัก ได้แก่ การวางแผนการระดมทุนการประชาสัมพันธ์การตลาดการดำเนินงานการประสานงานอาสาสมัครการพัฒนาและทรัพยากรมนุษย์ อีกครั้งแม้ในหมวดหมู่ย่อยของโปรแกรมเหล่านี้มีหมวดหมู่ย่อยเพิ่มเติมอยู่ โปรแกรมการตลาดอาจประกอบด้วยผู้อำนวยการด้านการตลาดผู้จัดการฝ่ายการตลาดและผู้จัดการฝ่ายประชาสัมพันธ์ พื้นที่การระดมทุนอาจมีผู้ประสานงานฐานข้อมูลผู้อำนวยการสมาชิกและผู้วางแผนกิจกรรม
กฎหมายของรัฐที่องค์กรไม่แสวงหาผลกำไรเริ่มต้นและดำเนินการนั้นจะควบคุมโครงสร้างองค์กรที่ไม่แสวงหาผลกำไรด้วย ตัวอย่างเช่นในเท็กซัสองค์กรที่ไม่แสวงหาผลกำไรจะต้องมีกรรมการอย่างน้อยสามคนซึ่งดำรงตำแหน่ง รัฐยังต้องการบุคคลหนึ่งซึ่งทำหน้าที่เป็นประธานขององค์กรในขณะที่บุคคลอื่นจะต้องทำหน้าที่เป็นเลขานุการของคณะกรรมการและองค์กร กฎหมายของรัฐชี้แจงเพิ่มเติมว่าประธานและเลขานุการจะต้องไม่เป็นคนคนเดียวกัน แต่แทนที่จะเป็นคนสองคน
