หน้าที่ของเลขานุการคณะรัฐมนตรีในหลายประเทศรวมถึงบทบาทด้านการบริหารเพื่อสนับสนุนผู้นำที่ได้รับการเลือกตั้งในแต่ละประเทศ ในบางภูมิภาคเลขานุการคณะรัฐมนตรีอาจกำกับดูแลข้าราชการตรวจสอบการรั่วไหลภายในรัฐบาลหรือรับมือกับวิกฤตระดับประเทศ ในสหรัฐอเมริกาเลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้รับการแต่งตั้งจากประธานาธิบดีให้เป็นหัวหน้าแต่ละส่วนของรัฐบาลยกเว้นกระทรวงยุติธรรมซึ่งดูแลโดยอัยการสูงสุด
ผู้นำของหน่วยงานของรัฐบางแห่งก็ถูกเรียกว่าเลขานุการคณะรัฐมนตรีด้วย เลขานุการของหน่วยงานเช่นสุขภาพการคุ้มครองสิ่งแวดล้อมและการค้าอาจให้ข้อมูลแก่ผู้ว่าการรัฐเกี่ยวกับแต่ละแผนกเพื่อช่วยให้เขาหรือเธอตั้งเป้าหมายสำหรับรัฐ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีอาจให้คำแนะนำเกี่ยวกับนโยบายของรัฐและสื่อสารกับหน่วยงานอื่นภายในสำนักงานของผู้ว่าการ
ในบริเตนใหญ่เลขานุการคณะรัฐมนตรีมีหน้าที่รับผิดชอบสำนักงานที่สนับสนุนนายกรัฐมนตรี เลขานุการจะทำหน้าที่บริหารงานทั้งหมดและมักจะทำหน้าที่เป็นหัวหน้าฝ่ายราชการซึ่งดูแลพนักงานราชการทุกคนในประเทศ นอกจากนี้เลขาธิการคณะรัฐมนตรีจะดูแลรหัสที่อาจสอบสวนรัฐมนตรีที่ได้รับเลือกหากเกิดการรั่วไหลของข้อมูลที่ละเอียดอ่อน หน้าที่นี้โดยทั่วไปจะทำให้รัฐมนตรีมีอำนาจเหนือระดับที่ได้รับเลือกตั้งเนื่องจากเขาหรือเธออาจบังคับใช้มาตรการทางวินัย
รัฐบาลญี่ปุ่นใช้หัวหน้าคณะรัฐมนตรีซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ ผู้ที่ดำรงตำแหน่งนี้ดูแลสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีและพนักงานในแต่ละส่วนของรัฐบาล เลขานุการรองหัวหน้าสามคนช่วยหัวหน้าและปฏิบัติหน้าที่ที่จำเป็นในการขาดงานของเขาหรือเธอ รองหัวหน้าคนหนึ่งมีหน้าที่รับผิดชอบในการจัดการกับวิกฤตหรือเหตุฉุกเฉินที่คุกคามชีวิต ในบทบาทนี้เลขานุการต้องไม่ทำงานอื่นใดโดยไม่ได้รับอนุญาตจากนายกรัฐมนตรี
เลขาธิการคณะรัฐมนตรีของอินเดียถือเป็นข้าราชการระดับสูงที่สุดในประเทศ เขาหรือเธอรับใช้สภารัฐมนตรีโดยประสานงานด้านการบริหารทั้งหมดของรัฐ เลขาธิการจะหาทางแก้ไขหากเกิดปัญหาระหว่างรัฐกับรัฐบาลแห่งชาติ โดยปกติแล้วเลขานุการจะคอยตรวจสอบการกระทำของฝ่ายบริหารในแต่ละแผนกและส่งข้อมูลไปยังคณะรัฐมนตรีเพื่อช่วยในการตัดสินใจ
เลขาธิการคณะรัฐมนตรีของออสเตรเลียจัดงานพิธีและมีการต้อนรับแขกต่างชาตินอกเหนือจากงานธุรการประจำ เขาหรือเธออาจแนะนำนายกรัฐมนตรีของการบำรุงรักษาหรือการปรับปรุงที่จำเป็นในถิ่นที่อยู่ของเจ้าหน้าที่ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีของออสเตรเลียยังรับรองว่ามีความสัมพันธ์ที่ดีในการทำงานระหว่างหน่วยงานภาครัฐทุกแห่งและมีการสื่อสารที่เปิดกว้าง
