นักบำบัดโรคทางเพศแนะนำผู้ป่วยที่มีปัญหาทางอารมณ์สังคมหรือจิตวิทยาที่เกี่ยวข้องกับอัตลักษณ์ทางเพศ นักบำบัดเหล่านี้มักทำงานร่วมกับผู้ที่กำลังพิจารณาหรืออยู่ในขั้นตอนการระบุเพศใหม่ ผู้ป่วยอาจใช้นักบำบัดโรคทางเพศเพื่อพูดคุยในประเด็นต่าง ๆ ที่ทำให้พวกเขาหนักใจเพื่อช่วยหาสาเหตุและวิธีแก้ปัญหาสุขภาพจิตเช่นภาวะซึมเศร้าที่เกี่ยวข้องกับอัตลักษณ์ทางเพศหรือเพื่อรับคำแนะนำเกี่ยวกับวิธีการพูดคุยกับเพื่อน ๆ และคนที่รักเกี่ยวกับปัญหาเหล่านี้ หากนักบำบัดโรคทางเพศยังเป็นจิตแพทย์เขาหรือเธออาจสั่งยาด้วย
หนึ่งในสิ่งสำคัญที่นักบำบัดโรคทางเพศทำคือการช่วยให้ผู้ป่วยทำงานผ่านปัญหาที่เกี่ยวข้องกับอัตลักษณ์ทางเพศ ผู้ป่วยที่ระบุว่าเป็นสมาชิกของเพศตรงข้ามมักพบภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล พวกเขาอาจรู้สึกโดดเดี่ยวในสังคมและอาจมีประสบการณ์ด้านลบที่เกี่ยวข้องกับอัตลักษณ์ทางเพศ นักบำบัดทางเพศมักจะช่วยให้ผู้ป่วยเรียนรู้ที่จะจัดการกับอารมณ์เพื่อบรรเทาความเครียดและปรับปรุงอารมณ์และมุมมองต่อชีวิตของผู้ป่วย หากผู้ป่วยมีความสุขหรือมีปัญหาสุขภาพจิตอื่น ๆ นักบำบัดโรคอาจรักษาความผิดปกติเหล่านี้
มีการศึกษาหลายระดับที่นักบำบัดทางเพศอาจได้รับ นักสังคมสงเคราะห์หรือผู้ที่มีระดับการฝึกอบรมด้านจิตวิทยามักพูดถึงตนเองว่าเป็นนักบำบัดเมื่อทำงานเป็นที่ปรึกษา นักจิตวิทยาและจิตแพทย์อาจเรียกว่านักบำบัด เมื่อจิตแพทย์ทำงานในการบำบัดทางเพศงานส่วนหนึ่งอาจกำหนดให้ยาแก่ผู้ป่วย ยาสามัญที่กำหนดโดยนักบำบัดทางเพศ ได้แก่ ยากล่อมประสาทยาเสริมอารมณ์และการรักษาด้วยฮอร์โมนเพื่อช่วยให้ผู้ป่วยเตรียมความพร้อมสำหรับการผ่าตัดแปลงเพศ
ผู้ป่วยที่ตัดสินใจติดตามการโอนย้ายเพศจะต้องได้รับคำปรึกษา ก่อนที่ผู้ป่วยจะได้รับการผ่าตัดนักบำบัดโรคทางเพศจะต้องวินิจฉัยว่าเป็นโรคทางเพศ หลังจากได้รับการวินิจฉัยโรคนี้แล้วนักบำบัดโรคทางเพศจะหารือถึงทางเลือกกับผู้ป่วยและช่วยให้เขาหรือเธอตัดสินใจได้อย่างน้อยสองปีไม่ว่าการผ่าตัดแปลงเพศจะเป็นทางเลือกที่ดีที่สุดหรือไม่ หนึ่งในบทบาทของนักบำบัดโรคทางเพศที่ทำงานร่วมกับหนึ่งในผู้ป่วยเหล่านี้คือการแนะนำขั้นตอนอย่างเป็นทางการในนามของผู้ป่วย หากผู้ป่วยเลือกที่จะเข้ารับการผ่าตัดนักบำบัดจะให้คำปรึกษาแก่ผู้ป่วยต่อไปตลอดช่วงการเปลี่ยนภาพจากเพศหนึ่งไปสู่อีกเพศหนึ่ง
