โดยทั่วไปหน้าที่หลักของผู้จัดการการตรวจสอบคือการดูแลกิจกรรมของแผนกตรวจสอบ แผนกนี้ทำให้มั่นใจได้ว่ารายงานทางการเงินเป็นไปตามนโยบายกฎหมายและระเบียบข้อบังคับ ผู้จัดการมีหน้าที่รับผิดชอบในการวางแผนงานต่าง ๆ จากระดับการจัดการและมอบหมายงานให้กับผู้ใต้บังคับบัญชาในกรณีที่จำเป็น โดยทั่วไปแล้วหน้าที่ของเขาหรือเธอนั้นรวมถึงการตรวจสอบตามแนวทางการตรวจสอบที่ได้รับการยอมรับในอุตสาหกรรมการว่าจ้างและการฝึกอบรมพนักงานและมั่นใจว่ากระบวนการตรวจสอบเป็นไปตามข้อกำหนดทางกฎหมาย
มีหน่วยงานที่มีทีมงานตรวจสอบภายในเป็นของตนเอง ในองค์กรเช่นผู้จัดการตรวจสอบแผนและนำงานตรวจสอบ เมื่อดำเนินการตรวจสอบเป็นหน้าที่ของผู้จัดการที่จะตรวจสอบบันทึกทางการเงินอย่างละเอียดและเพื่อให้แน่ใจว่าถูกต้อง เนื่องจากการฉ้อโกงทางการเงินที่สำคัญและความไม่ซื่อสัตย์ทางบัญชีในอดีตผู้จัดการฝ่ายตรวจสอบจะต้องตรวจสอบให้แน่ใจว่าทีมงานของเขาหรือเธอใช้การควบคุมรายงานทางการเงินอย่างเข้มงวดเพื่อรักษาความซื่อสัตย์ในระดับสูง
นอกจากนี้เพื่อให้มั่นใจว่ามีการปฏิบัติตามกฎหมายนโยบายและข้อบังคับผู้จัดการฝ่ายตรวจสอบอาจต้องทำการสอบสวนเมื่อมีข้อกล่าวหาว่ามีการฉ้อโกง ปัญหาของการฉ้อโกงเป็นผลร้ายแรงและผู้จัดการต้องตรวจสอบอย่างละเอียด เมื่อมีการเปิดเผยมันเป็นหน้าที่ของผู้จัดการที่จะต้องรายงานเรื่องดังกล่าวต่อเจ้าหน้าที่ที่เหมาะสม
ความเชี่ยวชาญเป็นลักษณะของการตรวจสอบ ตัวอย่างเช่นผู้จัดการอาจแสวงหาความเชี่ยวชาญในโดเมนเช่นเทคโนโลยีสารสนเทศ ยกตัวอย่างเช่นผู้จัดการที่มีความเชี่ยวชาญในสาขานี้จะกำกับดูแลและควบคุมการจัดการข้อมูล ในการทำเช่นนี้เขามั่นใจได้ว่าข้อมูลที่ละเอียดอ่อนจะไม่สูญหายหรือถูกจัดการเหนือสิ่งอื่นใด
บางองค์กรไม่มีผู้ตรวจสอบภายในและส่วนใหญ่ต้องพึ่งพา บริษัท ที่เชี่ยวชาญในโดเมนนี้ เมื่อองค์กรว่าจ้าง บริษัท ที่ให้บริการการตรวจสอบจะมีผู้จัดการตรวจสอบเพื่อควบคุมกระบวนการ ผู้จัดการจะตรวจสอบงบการเงินเพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีสิ่งผิดปกติ นอกจากนี้เขาหรือเธอจะวิเคราะห์การควบคุมที่องค์กรมีอยู่ในสถานที่และทำให้วัดประสิทธิภาพและประสิทธิผล
ผู้จัดการตรวจสอบอาจทำงานให้กับรัฐบาล ในบทบาทนี้ผู้จัดการอาจรับผิดชอบดูแลกิจกรรมต่าง ๆ ซึ่งรวมถึงการตรวจสอบของเอกชนและ บริษัท เอกชนโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อมีข้อสงสัยว่าด้วยการหลีกเลี่ยงภาษีการฟอกเงินหรือกิจกรรมทางอาญาอื่น ๆ
บ่อยครั้งที่งานผู้จัดการฝ่ายตรวจสอบกำหนดให้ผู้สมัครมีวุฒิการศึกษาในการตรวจสอบภายในหรือการบัญชีโดยเฉพาะอย่างยิ่งในระดับสูงกว่าปริญญาตรี นอกจากนี้เขาหรือเธออาจต้องมีใบรับรองอุตสาหกรรมอย่างใดอย่างหนึ่ง เหล่านี้รวมถึงการกำหนดเช่น Certified Internal Auditor (CIA), Certified Internal Auditor (CISA) และการรับรองในการควบคุมการประเมินตนเอง (CCSA)


