วินิจฉัยจุลชีววิทยาเป็นพิเศษในวิทยาศาสตร์ที่มุ่งเน้นไปที่การใช้จุลชีววิทยาเพื่อการวินิจฉัยทางการแพทย์ เช่นเดียวกับนักจุลชีววิทยาคนอื่น ๆ นักจุลชีววิทยาวินิจฉัยมักจะทำงานในสภาพแวดล้อมของห้องปฏิบัติการซึ่งทำให้พวกเขาสามารถเข้าถึงอุปกรณ์หลากหลายที่พวกเขาสามารถใช้เพื่อระบุและศึกษาสิ่งมีชีวิตที่พวกเขาพบ ผู้คนในสาขานี้สามารถทำงานในห้องปฏิบัติการที่จัดการทดสอบการวินิจฉัยสำหรับโรงพยาบาลและคลินิกและพวกเขายังสามารถทำงานในการวิจัยและพัฒนาช่วยในการพัฒนาเทคนิคการวินิจฉัยและการรักษาใหม่สำหรับการติดเชื้อจุลินทรีย์
จุลินทรีย์เช่นแบคทีเรียโปรโตซัวและรามีบทบาทในกระบวนการต่าง ๆ ของโรค เมื่อผู้ป่วยมีอาการที่เกิดจากการติดเชื้อแพทย์มักจะต้องการตรวจสอบสิ่งมีชีวิตที่รับผิดชอบเพื่อให้สามารถเลือกการรักษาที่ดีที่สุด นักจุลชีววิทยาการวินิจฉัยใช้ตัวอย่างที่เก็บรวบรวมจากผู้ป่วยและวัฒนธรรมเพื่อดูสิ่งที่เติบโตขึ้นส่งคืนผลลัพธ์ให้แพทย์
นอกจากการมีส่วนร่วมในการระบุสิ่งมีชีวิตที่ทำให้เกิดโรคแล้วจุลชีววิทยาวินิจฉัยยังสามารถเป็นส่วนหนึ่งของการพัฒนาแผนการรักษา ยกตัวอย่างเช่นจุลินทรีย์หลายชนิดได้รับการดื้อต่อยาดังนั้นนักจุลชีววิทยาอาจถูกขอให้ทดสอบยาหลายชนิดกับสิ่งมีชีวิตที่เพาะเลี้ยงเพื่อหาวิธีรักษาที่มีประสิทธิภาพมากที่สุด นักจุลชีววิทยาคลินิกยังสามารถขอให้มองหาสัญญาณของสิ่งมีชีวิตหลายชนิดที่ติดเชื้อหรือให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับพยาธิสภาพของการติดเชื้อ
จุลชีววิทยาวินิจฉัยยังสามารถนำไปใช้กับระบาดวิทยา นักจุลชีววิทยาคลินิกมักจะมีส่วนร่วมในระยะแรกของการติดตามและศึกษาโรคระบาดเพื่อระบุสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องค้นหาความเชื่อมโยงระหว่างพวกเขาและช่วยพัฒนาวิธีการในการหยุดการแพร่ระบาดและรักษาผู้ที่ติดเชื้อ ทักษะของพวกเขายังถูกนำมาใช้เพื่อพิจารณาว่าใครอยู่ในโรคระบาดและไม่ใช้ทักษะการวินิจฉัยเพื่อติดตามการติดเชื้อในขณะที่พวกเขาแพร่กระจายและแยกแยะความแตกต่างระหว่างคนที่มีเชื้อธรรมดาและคนที่ติดเชื้อระบาด
ผู้ที่ทำงานในสาขาจุลชีววิทยาวินิจฉัยมักจะมีการฝึกอบรมอย่างกว้างขวาง ลักษณะของการฝึกอบรมอาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับตำแหน่งที่นักวิทยาศาสตร์ทำงาน ยกตัวอย่างเช่นช่างเทคนิคในห้องปฏิบัติการที่มีวัฒนธรรมและระบุตัวอย่างประจำมีแนวโน้มที่จะมีการฝึกอบรมน้อยลงว่าคนที่ทำงานเป็นนักระบาดวิทยาที่จัดการกับสิ่งมีชีวิตใหม่และไม่รู้จักในขณะที่เผชิญกับภัยคุกคามด้านสาธารณสุข ผู้ที่สนใจในสายอาชีพด้านจุลชีววิทยาเพื่อการวินิจฉัยควรวางแผนที่จะเรียนหลักสูตรวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์จำนวนมาก
