คนส่วนใหญ่คุ้นเคยกับอาหารแปรรูปเชิงพาณิชย์เช่นซีเรียลชนิดบรรจุกล่องและพาสต้าผักกระป๋องซุปและอาหารเย็นแช่แข็งและของหวาน งานส่วนใหญ่ที่เกี่ยวข้องกับการรับอาหารเหล่านี้จากวัตถุดิบไปยังผลิตภัณฑ์บรรจุภัณฑ์ถูกควบคุมโดยวิศวกรรมกระบวนการอาหารซึ่งเป็นวิทยาศาสตร์ที่อยู่เบื้องหลังการสร้างและบรรจุรายการอาหารแปรรูปเชิงพาณิชย์
โดยทั่วไปแล้ววิศวกรรมกระบวนการอาหารจำเป็นต้องมีความรู้เกี่ยวกับหลักการทางชีววิทยาของจุลินทรีย์ในอาหารและสิ่งแวดล้อมรวมถึงวิศวกรรมเครื่องกล เนื่องจากขั้นตอนต่าง ๆ มากมายในการผลิตอาหารแปรรูปมักอยู่ภายใต้ขอบเขตของวิศวกรรมกระบวนการอาหารตั้งแต่การสร้างเครื่องจักรเพื่อผสมอาหารไปจนถึงการออกแบบการควบคุมเพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีการปนเปื้อนระหว่างการแปรรูปจนถึงการคิดค้นวิธีการบรรจุ
หนึ่งในขั้นตอนแรกโดยทั่วไปแล้วควบคุมด้วยวิศวกรรมกระบวนการอาหารคือการออกแบบเครื่องจักรที่จำเป็นสำหรับการผลิตรายการอาหารที่ต้องการ ซึ่งอาจรวมถึงตัวอย่างเช่นเครื่องผสมพิเศษเตาอบและตู้แช่แข็ง ในการออกแบบเครื่องมือดังกล่าวอย่างถูกต้องวิศวกรอาหารจะต้องใช้ความรู้ในลักษณะอาหารต่าง ๆ เช่นความไวต่ออุณหภูมิและความสมบูรณ์ของผนังเซลล์เพื่อให้มั่นใจว่าส่วนประกอบแต่ละอย่างที่ประกอบขึ้นเป็นรายการอาหารแปรรูปจะถูกเก็บไว้ในสภาพที่เหมาะสมตลอดกระบวนการผลิต
อีกหนึ่งกุญแจสำคัญของวิศวกรรมกระบวนการอาหารคือความปลอดภัยของจุลินทรีย์ เมื่อจัดการอย่างไม่เหมาะสมอาหารเป็นแหล่งผสมพันธุ์ตามธรรมชาติสำหรับแบคทีเรียและจุลินทรีย์อื่น ๆ ที่พบในสิ่งแวดล้อม วิศวกรกระบวนการอาหารใช้ความรู้ทางวิทยาศาสตร์ของจุลินทรีย์เหล่านี้และอาหารที่ถูกประมวลผลเพื่อสร้างวิธีการเพื่อช่วยป้องกันการปนเปื้อนที่เป็นอันตราย ตัวอย่างเช่นนมหรือน้ำผลไม้อาจมีจุลินทรีย์ที่ไวต่อความร้อนดังนั้นการพาสเจอร์ไรซ์หรือการให้ความร้อนของอาหารในอุณหภูมิที่กำหนดเป็นวิธีการทางวิศวกรรมกระบวนการอาหารชนิดหนึ่งที่อาจใช้เพื่อความปลอดภัยของรายการเหล่านี้ ในทำนองเดียวกันผักและผลไม้ที่กำลังจะถูกบรรจุอาจมีกรดเพิ่มเข้าไปเพื่อช่วยชะลอการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ที่ไวต่อกรด
บรรจุภัณฑ์โดยทั่วไปยังอยู่ในขอบเขตของวิศวกรรมกระบวนการอาหาร เนื่องจากบรรจุภัณฑ์มักจะเป็นมากกว่าเครื่องมือทางการตลาด มักจะต้องได้รับการออกแบบเป็นพิเศษเพื่อให้แน่ใจว่าอาหารสดและปลอดภัยจนกว่าจะสามารถบริโภคได้ ตัวอย่างเช่นหลักการของวิศวกรรมกระบวนการอาหารเป็นแนวทางในการออกแบบและสร้างบรรจุภัณฑ์ผักกาดหอมที่คุ้นเคยในปัจจุบันซึ่งใช้ก๊าซผสมพิเศษเพื่อช่วยป้องกันไม่ให้เกิดการเกิดสีน้ำตาลหรืออ่อนแรง โดยพื้นฐานจากเกือบทุกขั้นตอนที่ใช้ในการรับจากฟาร์มจนถึงชั้นวางหลักการของวิศวกรรมกระบวนการอาหารถูกนำมาใช้เพื่อช่วยรักษาความปลอดภัยและคุณภาพของอาหารแปรรูป
