การขลิบการกำจัดหนังหุ้มปลายลึงค์ออกจากองคชาตจะส่งผลกระทบต่อโอกาสในการแพร่เชื้อไวรัสเอชไอวีที่เป็นสาเหตุของโรคเอดส์ การขลิบและโรคเอดส์มีความเกี่ยวข้องเนื่องจากผู้ชายที่เข้าสุหนัตมีโอกาสน้อยกว่าผู้ชายที่ไม่ได้เข้าสุหนัตเพื่อทำสัญญาโรค นี่อาจเป็นเพราะจุดอ่อนของหนังหุ้มปลายลึงค์จากการติดเชื้อจากไวรัส การผ่าตัดนั้นไม่ได้ก่อให้เกิดโรคเอดส์
ขั้นตอนการขลิบไม่น่าจะส่งต่อโรคเอดส์ตามปกติจะไม่มีการถ่ายโอนของของเหลวในร่างกายของบุคคลอื่นให้กับผู้ป่วย ไวรัสเอชไอวีย้ายจากคนสู่คนผ่านเลือดของเหลวในช่องคลอดน้ำอสุจิและน้ำนมแม่ ตราบใดที่มีการปฏิบัติตามขั้นตอนอย่างถูกต้องด้วยเครื่องมือและน้ำยาฆ่าเชื้อที่สะอาดคนที่เข้าสุหนัตจะไม่ได้รับโรคเอดส์
การมีอิทธิพลซึ่งกันและกันระหว่างการขลิบกับโรคเอดส์อาจช่วยให้ประเทศที่ประสบจากโรคระบาดของโรคเอดส์ลดอัตราการติดเชื้อ ตามที่องค์การอนามัยโลก (WHO) ระบุว่าชายต่างเพศที่เข้าสุหนัตมีโอกาสน้อยกว่าชายรักเพศที่ไม่ได้เข้าสุหนัตถึง 60% ที่ติดเชื้อเอชไอวี ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคแห่งสหรัฐอเมริกา (CDC) ยังเห็นด้วยว่าการขลิบช่วยลดความเสี่ยงของการติดเชื้อเอชไอวี ในปี 2011 CDC เตือนว่าการวิจัยเกี่ยวกับการขลิบและโรคเอดส์แสดงให้เห็นว่ามีความเสี่ยงลดลงสำหรับการมีเพศสัมพันธ์ทางช่องคลอดและไม่ได้สำหรับการมีเพศสัมพันธ์ในรูปแบบอื่น ๆ
แม้ว่าคนที่เข้าสุหนัตอาจมีความเสี่ยงต่อการเกิดโรคเอดส์น้อยกว่าผู้ชายคนอื่น แต่กระบวนการนี้ไม่สามารถป้องกันการติดเชื้อได้อย่างมีประสิทธิภาพ ชายที่เข้าสุหนัตควรปฏิบัติเพศสัมพันธ์ที่ปลอดภัยและผ่านการทดสอบอย่างสม่ำเสมอหากจำเป็น การขลิบยังช่วยลดความเสี่ยงของการติดเชื้อติดต่อทางเพศสัมพันธ์อื่น ๆ ที่สามารถช่วยในการแพร่กระจายโรคเอดส์ ตาม CDC หลักฐานของการลดการส่งเอชไอวีจากชายเข้าสุหนัตเพื่อหญิงหรือชายคู่ก็ไม่มีความชัดเจน
หนังหุ้มปลายลึงค์มีคุณสมบัติที่แตกต่างจากผิวรอบ ๆ ด้านในแห้งน้อยกว่าและไวต่อการฉีกขาดด้วยกล้องจุลทรรศน์ น้ำตาเหล่านี้สามารถเกิดขึ้นได้ในระหว่างการมีเพศสัมพันธ์และอนุญาตให้อนุภาคของไวรัสผ่านเกราะป้องกันผิว ไวรัสเอชไอวีกำหนดเป้าหมายไปที่เซลล์เฉพาะและหนังหุ้มปลายลึงค์นั้นมีเซลล์เหล่านี้จำนวนมาก การปรากฏตัวของหนังหุ้มปลายลึงค์หมายความว่าผู้ชายก็มีแนวโน้มที่จะมีการติดเชื้อทางเพศสัมพันธ์อื่น ๆ ซึ่งเพิ่มความเสี่ยงของการติดเชื้อเอชไอวี
ความสัมพันธ์ระหว่างการขลิบกับโรคเอดส์ชี้ไปที่ขั้นตอนการเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการลดความชุกของโรค การผ่าตัดมีความเสี่ยงต่อการติดเชื้อเพียงเล็กน้อย จากข้อมูลขององค์การอนามัยโลกระบุว่าทารกน้อยกว่าหนึ่งใน 500 คนประสบภาวะแทรกซ้อนจากการขลิบ การเข้าสุหนัตผู้ใหญ่นั้นมีความเสี่ยงมากกว่าและมากถึงสี่เปอร์เซ็นต์ของผู้ป่วยเหล่านี้ที่มีอาการแทรกซ้อน
