สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของอาการน้ำมูกไหลและไอที่พบบ่อยที่สุดคือไวรัส, ไวรัสที่เป็นหวัดและไข้หวัดใหญ่เป็นหลัก สาเหตุอื่น ๆ อาจส่งผลให้เกิดอาการเหล่านี้เช่นโรคภูมิแพ้หรือไข้ละอองฟาง การเจ็บป่วยที่รุนแรงมากขึ้นบางครั้งอาจนำไปสู่อาการเหล่านี้เช่นไอกรนแม้ว่าอาการนี้จะพบได้น้อยกว่าก็ตาม
มีไวรัสเย็นมากกว่า 200 ชนิดและเป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของอาการน้ำมูกไหลและไอนอกเหนือจากการแพ้ตามฤดูกาล พวกมันแพร่กระจายอย่างมากและแพร่กระจายได้ง่ายจากคนสู่คนผ่านอนุภาคในอากาศซึ่งสามารถถูกปล่อยออกสู่อากาศโดยการไอหรือจาม หวัดยังสามารถแพร่กระจายได้เมื่อมีคนเช็ดจมูกหรือไอเข้าไปในมือแล้วแตะพื้นผิวที่คนอื่นสัมผัส
หวัดทำให้เกิดอาการน้ำมูกไหลและไอโดยการระคายเคืองต่อเยื่อเมือกบริเวณด้านหลังของลำคอและจมูก จมูกน้ำมูกไหลช่วยกำจัดเชื้อโรคออกจากร่างกายโดยการขับไล่พวกมันออกทางเมือก ถึงแม้จะน่ารำคาญ แต่อาการเหล่านี้ก็ช่วยปกป้องร่างกาย
การแพ้ตามฤดูกาลมักทำให้เกิดอาการน้ำมูกไหลและไอด้วยเหตุผลเดียวกับไวรัสเย็น สารก่อภูมิแพ้อาจทำให้เกิดการระคายเคืองและการอักเสบในจมูกตาและลำคอ อาการเกิดขึ้นเพราะร่างกายสร้างการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันเช่นเดียวกับที่เกิดจากไวรัสหรือแบคทีเรียและทำหน้าที่กำจัดสารต่างๆ ผู้กระทำผิดที่พบบ่อย ได้แก่ ละอองเกสรดอกไม้ราโกรธสัตว์เลี้ยงและฝุ่น
ในบางกรณีไวรัสที่ร้ายแรงกว่านี้จะทำให้เกิดอาการน้ำมูกไหลและไอ ตัวอย่างเช่นไข้หวัดใหญ่อาจทำให้เกิดอาการคล้ายกับผู้ที่มีประสบการณ์ในช่วงเย็น แต่รุนแรงกว่า อาการปวดกล้ามเนื้อและความแออัดของปอดก็เป็นเรื่องปกติเช่นกัน ไวรัสเช่นไอกรนหรือ "ไอกรนน้อย ๆ " จะส่งผลให้เกิดอาการน้ำมูกไหลและไอ ไวรัสนี้มักจะเริ่มด้วยอาการคล้ายหวัดและดำเนินไปอย่างรวดเร็วกลายเป็นไออย่างรุนแรง
ควรรายงานอาการไอใด ๆ ที่เรื้อรังหรือรุนแรงถึงแพทย์ ความเจ็บป่วยเช่นไอกรนและไข้หวัดใหญ่อาจเป็นอันตรายถึงชีวิตต่อทารกและผู้สูงอายุดังนั้นการรักษาโดยทันทีจึงมีความสำคัญอย่างยิ่ง ไวรัสที่ทำให้เกิดโรคหวัดมักจะหายไปเองโดยไม่จำเป็นต้องได้รับการรักษาพยาบาลในขณะที่โรคภูมิแพ้อาจเป็นไปตามฤดูกาล


