สาเหตุของหูดที่อวัยวะเพศนั้นอยู่ในประเภทเดียวกันนั่นคือไวรัส ไวรัส human papillomavirus (HPV) หลายประเภทมีหน้าที่พัฒนาหูดที่อวัยวะเพศ หูดจะถูกส่งเป็นหลักอย่างไรก็ตามผ่านการสัมผัสทางเพศ ตอนหนึ่งเรื่องเพศกับคนที่มีเชื้อ HPV อาจเพียงพอที่จะทำให้เกิดหูดที่อวัยวะเพศ การมีเพศสัมพันธ์กับคู่นอนหลายคนอาจทำให้เสี่ยงต่อการติดเชื้อ HPV และหูดที่อวัยวะเพศ
บ่อยครั้งที่ผู้คนพูดถึง HPV ราวกับว่าไวรัสตัวหนึ่งสามารถทำให้เกิดหูดที่อวัยวะเพศได้ ความจริงก็คือไวรัส HPV รวมกันมากกว่า 100 รายและส่วนใหญ่เป็นสาเหตุของหูดที่อวัยวะเพศ นักวิทยาศาสตร์พบว่ามี HPV อย่างน้อย 40 ชนิดที่มีความสามารถในการก่อให้เกิดหูดที่อวัยวะเพศ สิ่งที่รบกวนยิ่งกว่าก็คือความจริงที่ว่ากลุ่มย่อยของไวรัสเหล่านี้บางตัวก็มีความสามารถในการก่อให้เกิดมะเร็งมดลูกและปากมดลูก ในความเป็นจริงมะเร็งเหล่านี้บางชนิดอาจพิสูจน์ได้ว่ามีส่วนช่วยในการพัฒนามะเร็งของอวัยวะเพศและทวารหนัก
HPV มีหลายประเภทที่พิจารณาในสาเหตุของหูดที่อวัยวะเพศ แต่ส่วนใหญ่เกิดจาก HPV-6 และ HPV-11 น่าสนใจ HPV ทั้งสองประเภทนี้มีความเสี่ยงต่ำในการก่อมะเร็ง HPV ชนิดอื่น ๆ ที่เป็นสาเหตุของหูดที่อวัยวะเพศมีแนวโน้มที่จะก่อให้เกิดมะเร็ง ตัวอย่างเช่น HPV-16 ทำให้เกิดหูดที่อวัยวะเพศและเป็นสาเหตุของมะเร็งปากมดลูกที่พบบ่อย HPV-18 เป็นเชื้อ HPV อีกชนิดหนึ่งที่ทำให้เกิดหูดที่อวัยวะเพศและมีความเสี่ยงสูงกว่าในการก่อมะเร็ง
ในขณะที่เชื้อ HPV เป็นสาเหตุทางเทคนิคของหูดที่อวัยวะเพศหลายคนพูดถึงสาเหตุในแง่ของลักษณะที่บุคคลได้รับเชื้อไวรัสที่นำไปสู่พวกเขา ในกรณีส่วนใหญ่โหมดการส่งผ่านจะไม่มีการติดต่อทางเพศสัมพันธ์ คนมักติดเชื้อ HPV และหูดที่อวัยวะเพศในที่สุดจากคู่นอน โดยทั่วไปแล้วระยะเวลาที่ผ่านไประหว่างการสัมผัสและการพัฒนาของหูดนั้นจะอยู่ที่ประมาณสามเดือน ในขณะที่การมีเพศสัมพันธ์เพียงอย่างเดียวนั้นเพียงพอที่จะส่งผลให้เกิดการแพร่กระจายของเชื้อ HPV และหูดที่อวัยวะเพศ
HPV และหูดที่อวัยวะเพศนั้นสามารถส่งผ่านทางเพศสัมพันธ์ได้ง่าย อย่างไรก็ตามเป็นไปได้สำหรับบุคคลที่มีเพศสัมพันธ์กับคู่ค้าที่ติดเชื้อและยังคงเป็นอิสระจากหูดที่อวัยวะเพศ คนทั่วไปมีโอกาสประมาณ 40 เปอร์เซ็นต์ในการหลีกเลี่ยงหูดที่อวัยวะเพศในตอนที่มีเพศสัมพันธ์กับคู่ที่ติดเชื้อ


