มีสาเหตุที่เป็นไปได้หลายอย่างที่ทำให้เกิดภาวะปัญญาอ่อน แต่ส่วนใหญ่มักเกิดจากการติดเชื้อที่เกิดในทารกในครรภ์หรือหลังคลอด ในกรณีอื่น ๆ ความผิดปกติของโครโมโซมเป็นความผิดพลาด ความผิดปกติที่สืบทอดมาการบาดเจ็บที่บาดแผลและการขาดสารอาหารบางครั้งอาจนำไปสู่การเกิดภาวะปัญญาอ่อนได้เช่นกัน โดยพื้นฐานแล้วสิ่งใดก็ตามที่เกิดขึ้นก่อนบุคคลเกิดมาไม่นานหลังคลอดหรือในช่วงวัยเด็กที่มีการเปลี่ยนแปลงของการพัฒนาสมองสามารถนำไปสู่ภาวะปัญญาอ่อน อย่างไรก็ตามเป็นสิ่งสำคัญที่ต้องระลึกไว้เสมอว่าสาเหตุของการเกิดปัญญาอ่อนหลายกรณีนั้นไม่เคยถูกค้นพบ
การติดเชื้อที่มีผลต่อทารกในขณะที่เขายังอยู่ในมดลูกไม่นานหลังคลอดหรือในวัยเด็กอาจนำไปสู่การปัญญาอ่อนหากพวกเขาส่งผลกระทบต่อการพัฒนาของสมอง ในบรรดาการติดเชื้อที่สามารถก่อให้เกิดหรือนำไปสู่การพัฒนาของปัญญาอ่อนคือวัณโรค, โรคปอด; โรคไข้สมองอักเสบซึ่งเป็นการอักเสบของสมอง หัดเยอรมันเรียกอีกอย่างว่าหัดเยอรมัน; และ toxoplasmosis ซึ่งเกิดจากปรสิต สาเหตุที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อเพิ่มเติม ได้แก่ listeriosis ซึ่งเกิดจากแบคทีเรีย เยื่อหุ้มสมองอักเสบทำเครื่องหมายโดยการอักเสบของสมองและเยื่อหุ้มกระดูกสันหลัง; และ cytomegalovirus ไวรัสเริมชนิดหนึ่ง แม้แต่มนุษย์เอชไอวีไวรัส (HIV) ไวรัสที่ทำให้เกิดโรคภูมิคุ้มกันบกพร่อง (เอดส์) มีศักยภาพที่จะทำให้เกิดปัญญาอ่อน
ความผิดปกติของโครโมโซมยังเป็นสาเหตุของการเกิดปัญญาอ่อนด้วย ตัวอย่างเช่นความผิดปกติที่มีอยู่ก่อนเกิดเช่นในกลุ่มอาการดาวน์อาจทำให้เกิดปัญญาอ่อน ปัญหาเกี่ยวกับโครโมโซมที่สืบทอดมาเช่นในความผิดปกติที่เรียกว่ากลุ่มอาการเปราะบาง (X) อาจทำให้เกิดปัญหาได้เช่นกัน นอกจากนี้บุคคลอาจเกิดด้วยปัญญาอ่อนเมื่อยีนอยู่ในตำแหน่งที่ไม่ถูกต้องบนโครโมโซม
ความผิดปกติบางอย่างที่สืบทอดมานั้นเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดภาวะปัญญาอ่อนได้เช่นกัน ตัวอย่างเช่นบุคคลที่อาจถูกปัญญาอ่อนอันเป็นผลมาจากโรคฮันเตอร์, ความผิดปกติที่โมเลกุลของน้ำตาลสร้างขึ้นมากเกินไปหรือซินโดรม Hurler ซึ่งเป็นโรคที่หายากที่เกี่ยวข้องกับการเผาผลาญน้ำตาล โรค Rett และโรค Tay-Sachs ซึ่งทั้งสองเกี่ยวข้องกับระบบประสาทนอกจากนี้ยังสามารถนำไปสู่การปัญญาอ่อน Phenylketonuria (PKU) ซึ่งถูกทำเครื่องหมายด้วยความไม่สามารถที่จะทำลายสารที่เรียกว่าฟีนิลอะลานีนก็เป็นสาเหตุของการเกิดปัญญาอ่อนด้วยเช่นกัน
นอกจากนี้ยังมีสาเหตุทางโภชนาการของปัญญาอ่อน ตัวอย่างเช่นหากเด็กขาดสารอาหารเขาอาจมีแนวโน้มที่จะประสบกับภาวะปัญญาอ่อน ภาวะทุพโภชนาการอาจเกิดจากอาหารที่ไม่มีสารอาหารที่สมดุลปัญหาการดูดซึมสารอาหารการขาดอาหารและเงื่อนไขทางการแพทย์บางอย่างที่ไม่ได้รับการรักษา
การบาดเจ็บที่กระทบกระเทือนจิตใจบางครั้งทำให้เกิดปัญญาอ่อนเช่นกัน การบาดเจ็บที่สมองในระหว่างการคลอดสามารถทำให้เกิดขึ้นได้เช่นเดียวกับการบาดเจ็บที่ศีรษะอย่างรุนแรงในวัยเด็ก การขาดออกซิเจนไปยังสมองอาจทำให้เกิดเช่นกัน นอกจากนี้เลือดออกในสมองที่เกิดขึ้นก่อนหรือหลังคลอดสามารถนำไปสู่ภาวะปัญญาอ่อน
