หนึ่งในผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดของช็อตตับอักเสบคืออาการปวดหรือปวดเมื่อยบริเวณที่ฉีดยา ผลข้างเคียงอื่น ๆ ได้แก่ ไข้อ่อนเพลียเบื่ออาหารปวดศีรษะ อย่างจริงจังมากขึ้นคนอาจมีอาการแพ้ต่อการยิงตับอักเสบ นัดตับอักเสบสามารถช่วยป้องกันไวรัสตับอักเสบบางชนิดซึ่งเป็นเงื่อนไขทางการแพทย์ที่ร้ายแรงซึ่งตับอักเสบ
ผลข้างเคียงส่วนใหญ่จากการถ่ายตับอักเสบนั้นไม่รุนแรง ทั้งวัคซีนป้องกันไวรัสตับอักเสบเอและบีอาจส่งผลให้เกิดความเจ็บปวดเมื่อฉีดยา ความถี่ของผลข้างเคียงนี้อาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับการฉีดวัคซีนป้องกันโรคตับอักเสบ ครึ่งหนึ่งของผู้ใหญ่ทั้งหมดและเด็กหนึ่งในห้าหรือหกคนประสบอาการปวดด้วยช็อตตับอักเสบเอ ในทางตรงกันข้าม 25 เปอร์เซ็นต์ของผู้คนประสบกับความเจ็บปวดจากการฉีดไวรัสตับอักเสบบี
ผลข้างเคียงที่เกี่ยวข้องกับตับอักเสบ A นัดเกิดขึ้นประมาณสามถึงห้าวันหลังจากการยิงและสามารถดำเนินการต่อไปประมาณหนึ่งหรือสองวัน หลังจากได้รับเชื้อไวรัสตับอักเสบเอแล้วหนึ่งในหกของผู้ใหญ่และเด็กหนึ่งใน 25 คนอาจมีอาการปวดศีรษะ เด็กบางคนรายงานว่าสูญเสียความอยากอาหารและผู้ใหญ่หนึ่งใน 14 คนอาจรู้สึกเหนื่อย ผู้ป่วยอาจมีไข้ต่ำ
สำหรับผู้ป่วยบางรายอาการตับอักเสบเออาจทำให้เกิดอาการแพ้ซึ่งสามารถเกิดขึ้นได้ภายในไม่กี่ชั่วโมงหลังการรักษา อาการแพ้บางอย่างมีไข้สูงการเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมลมพิษและซีดจาง บุคคลนั้นอาจมีอาการหายใจดังเสียงฮืดหรือมีปัญหาในการหายใจ พวกเขาอาจมีอัตราการเต้นของหัวใจเพิ่มขึ้นวิงเวียนหรือความอ่อนแอทั่วไป เนื่องจากบุคคลสามารถตอบสนองต่อส่วนใด ๆ ของการยิงตับอักเสบเขาไม่ควรเสี่ยงถ้าเขาแพ้ส่วนผสมใด ๆ หากมีสัญญาณของการเกิดปฏิกิริยาต่อการยิงตับอักเสบคนควรไปพบแพทย์ทันที
ตรงกันข้ามกับวัคซีนป้องกันไวรัสตับอักเสบเอ, ผลข้างเคียงที่พบบ่อยสำหรับวัคซีนป้องกันไวรัสตับอักเสบบีมีค่อนข้างน้อย ผู้ที่ได้รับช็อตนี้อาจมีโอกาสเป็นหนึ่งใน 15 ที่จะมีไข้ระดับเล็กน้อยถึงระดับกลางซึ่งสามารถเข้าถึง 99.9 ฟาเรนไฮต์ (37.7 องศาเซลเซียส) หรือสูงกว่า ปฏิกิริยาการแพ้วัคซีนไวรัสตับอักเสบบีอาจเกิดขึ้นได้เช่นกัน แต่สิ่งเหล่านี้หายากมีผลกระทบต่อคนเพียงคนเดียวในจำนวนมากกว่าหนึ่งล้าน
