ภาวะมีบุตรยากในสตรีอาจเกิดจากปัญหาต่าง ๆ ทำให้เกิดปัญหาในการตั้งครรภ์หลังจากพยายามตั้งครรภ์เป็นเวลาหนึ่งปี หนึ่งในปัญหาที่พบบ่อยที่สุดคือแผลเป็นซึ่งมักเกิดจาก endometriosis หรือโรคกระดูกเชิงกรานอักเสบ ซีสต์และ fibroids ที่ปรากฏบนมดลูกหรือรังไข่ยังสามารถหยุดความคิดหรืออย่างน้อยก็ส่งผลให้เกิดภาวะมีบุตรยากหลายปีก่อนการตั้งครรภ์ ความไม่สมดุลของฮอร์โมนเป็นอีกสาเหตุหนึ่งของภาวะมีบุตรยากในสตรีรวมถึงวัยหมดประจำเดือนในระยะแรกและข้อบกพร่อง luteal phase
รอยแผลเป็นจากมดลูกสามารถทำให้มองเห็นได้ยากและน่าเสียดายที่ปัญหาต่าง ๆ ของระบบสืบพันธุ์เพศหญิงอาจทำให้เกิดปัญหานี้ได้ ยกตัวอย่างเช่น endometriosis ทำให้ไข่ที่ปฏิสนธิติดอยู่กับผนังมดลูกยากและอาจทำให้เกิดซีสต์และแผลเป็นที่รุนแรง ในขณะที่ผู้หญิงที่มีภาวะเยื่อบุโพรงมดลูกน้อยกว่าครึ่งมีภาวะมีบุตรยาก แต่แผลเป็นที่รุนแรงสามารถทำให้ไข่ไม่สามารถเดินทางไปยังท่อนำไข่ได้ เงื่อนไขอื่นที่มีผลกระทบต่าง ๆ สำหรับร่างกายมนุษย์เพศหญิงคือโรคกระดูกเชิงกรานอักเสบหรือ PID ซึ่งอาจส่งผลให้มีไข้ปวดกระดูกเชิงกรานและแผลเป็นมาก PID มักเกิดจากโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์การทำแท้งที่ไม่ปลอดภัยและภาคผนวกที่ฉีกขาด
ซีสต์และ fibroids มักมีผลเช่นเดียวกับแผลเป็นเนื่องจากปัญหาเหล่านี้สามารถทำให้มันยากสำหรับไข่ที่จะเดินทางไปยังท่อนำไข่ ยกตัวอย่างเช่นเนื้องอกในมดลูกสามารถยับยั้งท่อนำไข่ทำให้ไข่ไม่สามารถไปถึงที่หมายได้ ยิ่งไปกว่านั้น fibroids ยังสามารถเปลี่ยนรูปร่างของมดลูกได้ดังนั้นหากเกิดการปฏิสนธิขึ้นตัวอ่อนอาจไม่สามารถฝังเข้าไปในผนังมดลูกได้ ซีสต์ที่เกิดจาก polycystic ovarian syndrome หรือ PCOS มีผลคล้ายกันยกเว้นผู้หญิงที่มีความผิดปกตินี้อาจไม่ปล่อยไข่ใด ๆ ในระหว่างการตกไข่ แต่ไข่มักจะติดอยู่ในรูขุมขนเนื่องจากฮอร์โมนเทสโทสเตอโรนปริมาณสูงผิดปกติทำให้เกิดซีสต์ขนาดใหญ่ที่นำไปสู่การมีบุตรยากในสตรี
ไม่ใช่ความไม่สมดุลของฮอร์โมนทั้งหมดส่งผลให้เกิดซีสต์ แต่มีหลายคนที่ทำให้เกิดภาวะมีบุตรยากในสตรี ตัวอย่างหนึ่งคือวัยหมดประจำเดือนในช่วงต้นซึ่งมักเกิดจากการเพิ่มขึ้นของฮอร์โมนกระตุ้นรูขุมขนหรือ FSH สิ่งนี้จะช่วยลดจำนวนของรูขุมที่จำเป็นสำหรับการตกไข่ทำให้ไม่น่าจะตั้งครรภ์ได้หากไม่ได้รับความช่วยเหลือจากแพทย์ ปัญหาเกี่ยวกับฮอร์โมนอีกประการหนึ่งที่อาจส่งผลให้เกิดภาวะมีบุตรยากในผู้หญิงคือข้อบกพร่อง luteal ระยะซึ่งมักจะเกิดจากฮอร์โมนไม่เพียงพอ ฮอร์โมนนี้จำเป็นสำหรับเยื่อบุมดลูกที่จะหนาพอที่จะรองรับตัวอ่อนดังนั้นปัญหานี้มักส่งผลให้เกิดการแท้งบุตรในระยะแรก
