มีสาเหตุของอาหารเป็นพิษที่แตกต่างกันมากมายที่วิทยาศาสตร์การแพทย์ไม่ได้ระบุทั้งหมด อย่างไรก็ตามการเจ็บป่วยที่เกิดจากอาหารส่วนใหญ่เกิดจากแบคทีเรียหรือไวรัสอย่างไรก็ตาม แบคทีเรียเจริญเติบโตในสารที่ไม่มีชีวิตในขณะที่ไวรัสต้องการโฮสต์ที่มีชีวิตเพื่อให้มีอยู่ สาเหตุของอาหารเป็นพิษจากไวรัสและแบคทีเรียมีวิธีการปนเปื้อนที่แตกต่างกันมากมาย
แบคทีเรียจะยังคงอยู่บนพื้นผิวของผักและผลไม้ หากผลิตไม่ล้างหรือแปรรูปอย่างถูกต้องแบคทีเรียสามารถติดเครื่องและทำให้เกิดอาหารเป็นพิษ ผักและผลไม้กระป๋องเป็นหนึ่งในสาเหตุของอาหารเป็นพิษที่ร้ายแรงที่สุดหากกระบวนการผลิตไม่ถูกต้อง Clostridium botulinum เป็นแบคทีเรียที่ผลิตสารพิษที่สามารถทำให้เกิดการเจ็บป่วยและเสียชีวิตอย่างรุนแรง กระป๋องนูนหรือฝาเป็นสัญญาณที่ผลิตได้ว่าเป็นกระป๋องที่ไม่เหมาะสม การกินอาหารเหล่านี้อาจทำให้เสียชีวิตจากพิษโบทูลิซึม
สาเหตุของอาหารเป็นพิษส่วนใหญ่จะไม่ส่งผลกระทบร้ายแรง อาการคล้ายไข้หวัดใหญ่และปัญหาเกี่ยวกับลำไส้ที่หายไปในหนึ่งหรือสองวันเป็นเรื่องปกติ อาการอาหารเป็นพิษบางครั้งอาจทำให้เข้าใจผิดว่าเป็นไข้หวัด ปวดท้องคลื่นไส้และอาเจียนเป็นอาการทั่วไป
กรณีของโรคอาหารเป็นพิษมักเกิดจากการปนเปื้อนอุจจาระ หากพ่อครัวและผู้เตรียมอาหารไม่ล้างมืออย่างถูกต้องหลังจากใช้ห้องน้ำอาจทำให้เกิดการปนเปื้อนและอาหารเป็นพิษได้ โรคอาหารเป็นพิษชนิดนี้สามารถส่งผลกระทบต่อทั้งสถาบันเช่นวันเด็กและโรงเรียน เรื่องอุจจาระในหอยเป็นสาเหตุของอาหารเป็นพิษ
อาหารที่ไม่สุกเต็มที่ยังสามารถทำให้เกิดโรคที่เกิดจากอาหารได้ อาหารทุกชนิดควรปรุงให้มีอุณหภูมิที่เหมาะสมเพื่อหลีกเลี่ยงการทำให้อาหารเป็นพิษ การทิ้งอาหารที่ปรุงแล้วโดยไม่ใช้ตู้เย็นเป็นเวลานานกว่าสองชั่วโมงเป็นอีกสาเหตุหนึ่งที่ทำให้เกิดโรคอาหารเป็นพิษ กฎพื้นฐานของความปลอดภัยของอาหารคืออาหารร้อนควรเป็นอาหารร้อนและอาหารเย็นควรมีความเย็น
การเตรียมเนื้อสัตว์ดิบอย่างถูกต้องเพื่อประกอบอาหารมีความสำคัญอย่างยิ่งในการหลีกเลี่ยงอาหารเป็นพิษ เนื้อดิบอาจมีแบคทีเรียที่ทำให้อาหารเป็นพิษ หากมีการหั่นเนื้อสัตว์ที่ยังไม่ผ่านการตัดบนเขียงก่อนที่จะเตรียมอาหารอื่น ๆ เช่นผักไว้แบคทีเรียจะสามารถปนเปื้อนผักได้ง่าย ควรใช้เขียงและมีดแยกต่างหากสำหรับรายการอาหารต่าง ๆ เพื่อหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนของแบคทีเรีย
อุณหภูมิการปรุงที่เหมาะสมสามารถฆ่าเชื้อแบคทีเรียและไวรัสที่อาจทำให้เกิดอาหารเป็นพิษ ตัวอย่างเช่นเนื้อหมูอาจมี Trichinella spiralis ซึ่งเป็นไวรัสรอบตัวซึ่งเป็นสาเหตุของโรคตัวจี๊ดที่เกิดจากอาหาร หากเนื้อหมูผ่านการปรุงอย่างเหมาะสมโอกาสในการติดเชื้อตัวจี๊ดมีโอกาสน้อยมาก
